作者Cruise0819 (Cruise0819)
看板Biology
標題[問題] 關於OTU(operational taxonomic unit)
時間Fri Apr 20 02:16:07 2012
【問題】：
Operational taxonomic unit(OTU)
and 分析軟體:Qiime
【問題起因】：
Paper 看到的疑問
是要分析細菌的親緣關係
所使用的東西
查到的中文名字是"運算分類單位"
而且他分析的軟體"Qiime"
也真的不知道在做什麼.
不知道有沒有微生物專家來幫忙解答~~
【個人看法】：
完全不是這個領域的,讀paper讀到卡住
所以很想從高手中獲得一些訊息
【參考資料/連結】：
目前正在讀的paper:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22297845 恐怖的點狀FIG3
Qiime的paper：
http://tinyurl.com/7vfoh7l
Qiime的網站:
http://qiime.org/tutorials/retraining_rdp.html
希望有大大能幫忙 感謝！！
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 114.36.96.18
1F：推 lingon:Qiime看起來那也只是個運算平台, 應該還是用phylogenetic 04/20 04:37
2F：推 lingon:analysis 04/20 04:46
3F：→ Cruise0819:恩恩, 只是比較疑惑的是他橫軸縱軸怎麼拉出來的 04/20 20:31
4F：→ Cruise0819:PC1 PC2 04/20 21:23
5F：推 lingon:應該是principle component analysis 04/21 02:59
6F：→ Cruise0819:所以應該是自己主觀調整的結果 造成客觀的分析結果 04/21 16:41
7F：推 lingon:不是很懂你說的, PCA這分析法很常見, 值得花時間學清楚 04/22 03:32
8F：→ Cruise0819:謝謝ling大! 04/29 15:41