我在研究某個gene的轉錄調控，我對細胞treat hormone， 或是transfect一些factor到細胞內，接著收細胞，抽RNA，轉 成cDNA做Q-PCR，看該gene是否有被induce or down-regulate， 結果RNA大概可以看到上升2倍，但是因為該gene在HepG2 cells, HuH7…等Hepatoblastoma, HCC cell line內表現量非常低(但是 正常liver很高)，所以protein level看不到，western blot根本 壓不到，因此只能看RNA level而已，但是至少RNA看到induce。 另外，我也想用luciferase assay去看是否真的符合RNA看到 的情形，我們家之前有clone出大概2K的promoter，clone到pGL3-Basic， 做了5 RACE找到start site，也做5 deletion去看不同片段的活性找 到minimal promoter，以上是對這個promoter construct已經做過的實驗。 問題是，我對這個promoter luciferase construct，做treatment or transfection，都看不到有induce的情形，也就是RNA level看到， 但是 promoter luciferase assay卻看不到有作用。 有可能是此調控的region 不是位在我們clone出的2K promoter，有可能在更上游或是在intron(我只能這樣解釋)。 想請教大家，還有哪些實驗可以告訴我們clone出的promoter就是 該gene的promoer，因為我一直懷疑，該promoter是否真的就是我想研究 gene之promoter， 因為luciferase assay data 不符合 endogenous RNA data!! 苦惱苦惱 謝謝大家 -- im a good student --

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