作者sexyrickysky (花心只是掩飾內心的空虛)
看板Chemistry
標題Re: [實驗] 量化理論計算(transition state)
時間Fri Sep 3 06:22:17 2010
※ 引述《acer7410 (GERE)》之銘言：
: 小弟在做過渡態的計算遇到幾個問題,因為本身專長非量化計算,只懂一些基本方法.
: 想請教做量化計算的大大
: 問題一 : 我再跑transition state時,得不到paper中所講的負特徵值.
: 問題二 : 要是我設定 RMS 小於 0.0001, 這樣所得到的結構符合嗎
: 問題三 : 我使用的軟體為 wavefunction spartan 和 Chem3D_MOPAC的介面.
: 在spartan中 transition geometry/PM3 往往超出計算次數,
: 因此修改 OPTCYCLE=1000次,但始終得不到負特徵值.
: 另外,在MOPAC/PM3 當中run到一半就停止了,相當奇怪.
: 我再三確認過結構與電荷,整體都沒錯誤,但就是run不出來.
: 跪求,量化的大大傳授心經.
問題一：
TS本來就不是那麼好算，你是計算出很多虛頻還是半個虛頻都沒有？
而且你是用何種方法搜尋過渡態？LST？QST？min. cotrain?
若不告訴我們的話可能沒辦法推測發生什麼問題。
我的經驗是時常遇到找出的過渡態出現一堆虛頻，
如果出現此種情況你必須先分析那個是你的反應座標，
將不是反應座標維度稍微修改，重新OPT計算，消除虛頻
如果你是連半個虛頻都沒有，
意味著你找到的根本不是過渡態，而是一個局部最小值
（可能是中間產物、或另一個相對穩定結構）
因為你沒告訴我們你用的方法，這部分我沒辦法給你好的建議。
如果你只找到一個虛頻，可是跟作者的值差異在100～200cm-1內，
基本上這是勉強可以接受的值。
問題二：
你的RMS值的單位為何？埃？波爾半徑？，
因為個軟體使用的單位不太一樣
一般來說OPT的計算，收斂主要是看兩步之間的能量差距以及FORCE大小
如果位能面非常平滑時RMS收斂與否，相對來說比較不是那麼重要，
我的經驗上來說RMS設0.001埃足以。
問題三：
因為我沒用過你這套軟體，所以同樣沒辦法給妳很好的建議
不過，如果計算出現錯誤，軟體一般來說都會輸出錯誤訊息
這部分你必須查詢所使用軟體的說明書，
看看錯誤訊息放在哪，以及代表為何？
你的OPT計算次數設到1000只是在浪費時間，
如果200步內還是無法收斂，
基本上你必須檢討你的初始結構的合理性，
檢視一下OPT計算過程中一些參數，例如FOCRE大小
如果你發現FORCE一直都很大，
那代表初始結構太差，請修正一下初始結構。
若RMS不收斂，或一直在某特定範圍內跳動
意味著可能位能面非常平滑，可以嘗試縮小OPT過程中的STEP-SIZE。
因為你計算的是TS Geo.structure.
假設你使用需要反應物結構以及產物結構的方法（e.g. LST 、QST）
如果不收斂，
經驗告訴我，可能代表反應物與產物間涉及多個STATE
意味著可能有存在中間產物，或TS1、TS2...TS3等
這時需重新檢視假設的反應物與產物的合理性。
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我本不討厭娘泡，
我討厭的是他媽的不承認自己娘的娘泡。
偏偏所有的娘泡都不承認自己娘，
所以我只好討厭娘泡！
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◆ From: 220.135.46.10
1F：推 sunev:推 09/03 07:10
2F：推 comt:推 寫的很清楚 09/03 09:29
3F：推 acer7410:感謝大大的解釋,小弟用的不是LST 和 QST. 09/04 23:32
4F：→ acer7410:我用的單純是會出一個初始過渡態,在進行收斂. 09/04 23:35
5F：→ acer7410:在收斂過程顯示 Ran out of cycles,最後小弟加大收斂次數 09/04 23:36
6F：推 acer7410:就得到TS的能量點了 09/04 23:43
7F：推 sunev:樓上，你不會用單純的optimize去找transition state吧.... 09/05 08:11
8F：→ sexyrickysky:To:acer. 你這種方法如果沒有加任何限制性的話， 09/06 14:50
9F：→ sexyrickysky:找到的可能是OPT結構......... 09/06 14:50
10F：→ sexyrickysky:建議你最好在頻率分析看看，TS的話只會有一個虛頻存Y 09/06 14:51
11F：→ acer7410:小弟不是用單純的OPT,另有加上TS的限制條件. 09/06 17:25
12F：→ acer7410:感謝各位大大熱心的幫忙. 09/06 17:26