※ [本文轉錄自 Biology 看板 #1ElGKTNg ] 作者: sysbio2011 (蘋果的滋味) 看板: Biology 標題: "用電腦玩生物學"討論小組，誠徵同好 時間: Fri Nov 11 19:20:59 2011 大家好， 我們是一個草創的業餘讀書小組，不是正式的學術單位， 希望利用業餘時間，來研究、討論有趣的生物現象。 在這裡想要邀請對以下題目有興趣的學生或是研究人員， 一起透過網路，或是實體聚會來參加討論。 近年來，有許多利用電腦軟體來模擬生物動態現象的軟體。 我們目前計劃要玩的題目，有兩大主軸： (1) 計算神經生理 由離子通道的開關調控，到單細胞的電生理訊號模擬，突觸的傳遞， 到簡單神經網路的模擬。 目前選擇以 NEURON 這個軟體來模擬。這是 freeware，可自由下載。 網站： http://neuron.duke.edu/ (2) 系統生物學 了解生化反應如何調控生化訊號的傳遞，包含蛋白質的反應和基因的調控。 目前選擇由下列兩個軟體開始玩。 CellDesigner http://www.celldesigner.org/ 和 SBW 軟體 http://sbw.kgi.edu/research/sbwintro.htm 討論的方式是： * 每月在台北聚會一次，內容包括文獻閱讀分享，軟體模擬 demo。 * 平時透過網站和 email 討論。 討論的原則，希望是 * 由淺入深，盡量由大一大二程度可瞭解的基本知識出發。 * 可由電腦模擬，呈現的問題。 * 討論已有實驗 data，或可能可以由實驗驗證的問題。 我們目前的成員至少包括三位 PhD，研究專長分別為神經電生理， 粒子物理，和基因生物資訊。雖然目前各有正式工作，但基於業餘 興趣，想要來學習、研究，如何"用電腦玩生物學"。我們對這些 軟體也屬外行，但相信根據背景知識和興趣，也可以玩出興趣。 歡迎對這題目有興趣，具高度自學和分享熱忱的同學或是業餘愛好者， 蒞臨討論指導，一起分享學習心得。 歡迎加入討論群組 (須登入) https://groups.google.com/group/sysbio2011 最近一次聚會，預計在 2011/11/19 下午 2:30，在台北，地點待定。 主題：(1) 酵素作用的基本原理 閱讀資料 Lehninger, Principles of Biochemistry (5th ed), Chap. 6 Enymes (2) 以 CellDesigner 來模擬簡單的 chemical kinetics. 有任何問題，或有興趣參加的朋友， 請寫信給 starynight68 <at> googlemail.com 吉本氏 我可以透過 email 提供講義。 Have fun. --

※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 114.24.120.33 ※ sysbio2011:轉錄至看板 Chemistry 11/11 19:21 ※ sysbio2011:轉錄至看板 Physics 11/11 19:21

※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ※ 轉錄者: windincloud (140.109.183.89), 時間: 11/14/2011 16:05:52