作者WillyMoPena (WillyMoPena)
看板Biology
標題Re: [問題] 蛋白質結構 loop 問題~~~
時間Tue May 18 00:17:08 2010
※ 引述《goldfish0909 (金魚)》之銘言：
: 【問題】：
: 一個具有活性的酶，與受質或cofactor接受的區域，一般來說都是loop結構
: 而不是本體的螺旋與摺疊結構?
: 【問題起因】：
: 昨天報完seminar被上課老師問的問題，我介紹植物的醛醣還原酶結構
: 該蛋白質家族具有(α/β)8-barrel核心結構，其外圍loop-A,B,C 可與
: 受質及cofactor結合，老師問我說為何與受質結合的是loop而非
: (α/β)8-barrel核心結構?
: 【個人看法】：
: 我的蛋白質知識還不夠多，目前只知道loop位於最外圍，與受質或
: cofactor接觸的機率最大，詳細的原因不清楚，google過也找不到
: 滿意的答案，所以想請版上的前輩們解惑一下，謝謝囉 ~^^~
應該這樣說，core structure是維持一個protein基本構型的部份，
但是因為大多是alpha/beta的結構，有固定的一些bonding互相穩定
(helix的氫鍵，beta-sheet的regular secondary hydrogen bonds)
所以基本上是不太會隨便做太大的flip的。
而loop region通常會具有較高的flexibility,
上面的胺基酸可以用side chain進行各種反應，
所以我們會看到很多catalytic triad之類的，
就是在core structure中間的pocket或是邊緣的flexible loop region,
連帶的這些比較明顯的conformational change也會出現在loop區域。
當然core structure也會有conformational change,但也是為了要因應
substrate binding之類的，
也就是原文推文中的induce-fit conformational changes.
大致上是這樣，
小弟不才對protein structure只略懂皮毛
丟個小石頭出來~若有觀念錯誤請各位前輩指教!!
:)
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 114.43.159.142
1F：推 goldfish0909:感謝 ^^ 05/19 16:10
2F：推 merryed99:滿認同這個說法~loop region在結構上的B-factor通常較大 05/20 18:05
3F：→ merryed99:一樣是具有較高的flexibility的意思~就像是跟普通朋友見 05/20 18:07
4F：→ merryed99:見面一樣我捫會有身體比較flexibility的手~跟人家問候~ 05/20 18:09
5F：推 merryed99:而非身體親密接觸XD~ 05/20 18:12
6F：推 merryed99:不過還是要case by case的看~這樣講籠統~ 05/20 18:25