作者WillyMoPena (WillyMoPena)
看板Biology
标题Re: [问题] 蛋白质结构 loop 问题~~~
时间Tue May 18 00:17:08 2010
※ 引述《goldfish0909 (金鱼)》之铭言：
: 【问题】：
: 一个具有活性的酶，与受质或cofactor接受的区域，一般来说都是loop结构
: 而不是本体的螺旋与摺叠结构?
: 【问题起因】：
: 昨天报完seminar被上课老师问的问题，我介绍植物的醛醣还原酶结构
: 该蛋白质家族具有(α/β)8-barrel核心结构，其外围loop-A,B,C 可与
: 受质及cofactor结合，老师问我说为何与受质结合的是loop而非
: (α/β)8-barrel核心结构?
: 【个人看法】：
: 我的蛋白质知识还不够多，目前只知道loop位於最外围，与受质或
: cofactor接触的机率最大，详细的原因不清楚，google过也找不到
: 满意的答案，所以想请版上的前辈们解惑一下，谢谢罗 ~^^~
应该这样说，core structure是维持一个protein基本构型的部份，
但是因为大多是alpha/beta的结构，有固定的一些bonding互相稳定
(helix的氢键，beta-sheet的regular secondary hydrogen bonds)
所以基本上是不太会随便做太大的flip的。
而loop region通常会具有较高的flexibility,
上面的胺基酸可以用side chain进行各种反应，
所以我们会看到很多catalytic triad之类的，
就是在core structure中间的pocket或是边缘的flexible loop region,
连带的这些比较明显的conformational change也会出现在loop区域。
当然core structure也会有conformational change,但也是为了要因应
substrate binding之类的，
也就是原文推文中的induce-fit conformational changes.
大致上是这样，
小弟不才对protein structure只略懂皮毛
丢个小石头出来~若有观念错误请各位前辈指教!!
:)
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 114.43.159.142
1F：推 goldfish0909:感谢 ^^ 05/19 16:10
2F：推 merryed99:满认同这个说法~loop region在结构上的B-factor通常较大 05/20 18:05
3F：→ merryed99:一样是具有较高的flexibility的意思~就像是跟普通朋友见 05/20 18:07
4F：→ merryed99:见面一样我扪会有身体比较flexibility的手~跟人家问候~ 05/20 18:09
5F：推 merryed99:而非身体亲密接触XD~ 05/20 18:12
6F：推 merryed99:不过还是要case by case的看~这样讲笼统~ 05/20 18:25