作者mengyichen (死小胖)
看板Biotech
標題Re: [問題] 有關phylogenetic tree的問題
時間Wed Jun 14 13:47:21 2006
※ 引述《hikarujun (Hikaru)》之銘言：
: 大家好
: 我用BLAST比對序列間的差異
: 然後檢視其phylogenetic tree
: tree上的每個節點有不同的顏色
: 請問實際代表的意義是什麼呢
我點了Tree view網頁上方Sequence Label旁的問號來看(不用真的點，游標放在上面即可)
有一句話這麼說
The color of the leaf node indicates the Blast Name of the sequence.
於是我就在下方選單選了「Sequence ID (Blast Name)」
我用的query sequence是2894208(GI number)
是Mycobacterium tuberculosis這種細菌中預測的蛋白質
我發現藍色的節點都一樣是細菌的蛋白質
而綠色的節點則是病毒的蛋白質
所以我猜應該是用來標示序列來源的「物種」分類
: 我猜可能是跟相似程度有關
不是，相似程度可由branch length 來看
: 但不同的顏色分別代表什麼樣的意義呢
: 我查過說明文件和上網搜尋 但都沒有找到
: 希望知道的版友能餵我解惑 謝謝
不用客氣，這個功能若不是因為你的問題，否則我也不會注意到
其實每隔一陣子，NCBI都會將它的網頁功能推陳出新
像這個功能我就覺得真的蠻好用的，如果不是要做嚴格的親緣分析的話
可以省掉整理dataset的麻煩
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.59.197
1F：→ mengyichen:每次分析的節點顏色，依資料序列的特性，代表不同的分 06/14 13:50
2F：→ mengyichen:代表不同的分類，，不藍色不見得一定代表細菌 06/14 13:50
3F：→ mengyichen:你可以用你自己的query玩玩看就知道了 06/14 13:51
4F：→ mengyichen:不過，節點顏色代表的分類階層不見得是平行的 06/14 13:52