作者mengyichen (死小胖)
看板Biotech
标题Re: [问题] 有关phylogenetic tree的问题
时间Wed Jun 14 13:47:21 2006
※ 引述《hikarujun (Hikaru)》之铭言：
: 大家好
: 我用BLAST比对序列间的差异
: 然後检视其phylogenetic tree
: tree上的每个节点有不同的颜色
: 请问实际代表的意义是什麽呢
我点了Tree view网页上方Sequence Label旁的问号来看(不用真的点，游标放在上面即可)
有一句话这麽说
The color of the leaf node indicates the Blast Name of the sequence.
於是我就在下方选单选了「Sequence ID (Blast Name)」
我用的query sequence是2894208(GI number)
是Mycobacterium tuberculosis这种细菌中预测的蛋白质
我发现蓝色的节点都一样是细菌的蛋白质
而绿色的节点则是病毒的蛋白质
所以我猜应该是用来标示序列来源的「物种」分类
: 我猜可能是跟相似程度有关
不是，相似程度可由branch length 来看
: 但不同的颜色分别代表什麽样的意义呢
: 我查过说明文件和上网搜寻 但都没有找到
: 希望知道的版友能喂我解惑 谢谢
不用客气，这个功能若不是因为你的问题，否则我也不会注意到
其实每隔一阵子，NCBI都会将它的网页功能推陈出新
像这个功能我就觉得真的蛮好用的，如果不是要做严格的亲缘分析的话
可以省掉整理dataset的麻烦
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.59.197
1F：→ mengyichen:每次分析的节点颜色，依资料序列的特性，代表不同的分 06/14 13:50
2F：→ mengyichen:代表不同的分类，，不蓝色不见得一定代表细菌 06/14 13:50
3F：→ mengyichen:你可以用你自己的query玩玩看就知道了 06/14 13:51
4F：→ mengyichen:不过，节点颜色代表的分类阶层不见得是平行的 06/14 13:52