你好呀 謝謝你的回答^^ 所以同種顏色是同樣"物種分類"嗎 可是不知道同樣分類指的是再哪一個層次相同呢? (ex:界門綱目科屬種..) 似乎不是"同種" 因為我自己做query的結果 有不同物種 但顏色仍是相同 不過隸屬於同一目 另外想請問 你有提到相似程度可由branch length 來看 但在tree上的距離多近代表他們具有一定相似程度 或者是說 有沒有一個依據 讓我們知道在tree上怎麼樣的距離 代表序列上怎麼樣的相似程度呢 謝謝你 ※ 引述《mengyichen (死小胖)》之銘言： : ※ 引述《hikarujun (Hikaru)》之銘言： : : 大家好 : : 我用BLAST比對序列間的差異 : : 然後檢視其phylogenetic tree : : tree上的每個節點有不同的顏色 : : 請問實際代表的意義是什麼呢 : 我點了Tree view網頁上方Sequence Label旁的問號來看(不用真的點，游標放在上面即可) : 有一句話這麼說 : The color of the leaf node indicates the Blast Name of the sequence. : 於是我就在下方選單選了「Sequence ID (Blast Name)」 : 我用的query sequence是2894208(GI number) : 是Mycobacterium tuberculosis這種細菌中預測的蛋白質 : 我發現藍色的節點都一樣是細菌的蛋白質 : 而綠色的節點則是病毒的蛋白質 : 所以我猜應該是用來標示序列來源的「物種」分類 : : 我猜可能是跟相似程度有關 : 不是，相似程度可由branch length 來看 : : 但不同的顏色分別代表什麼樣的意義呢 : : 我查過說明文件和上網搜尋 但都沒有找到 : : 希望知道的版友能餵我解惑 謝謝 : 不用客氣，這個功能若不是因為你的問題，否則我也不會注意到 : 其實每隔一陣子，NCBI都會將它的網頁功能推陳出新 : 像這個功能我就覺得真的蠻好用的，如果不是要做嚴格的親緣分析的話 : 可以省掉整理dataset的麻煩 -- 我當然書寫自己必須說出來的唯一一回事 該如何面對我的時代、我的生命裡的難題 http://www.wretch.cc/blog/hikarujun --

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