作者gilchang (小了了)
看板Biotech
標題Re: [問題] 找尋基因的promoter和第一個exon區域
時間Fri Jul 28 22:38:14 2006
※ 引述《LuLowDa (...)》之銘言：
: 請問現在有網站可以清楚的告訴我們
: 一個基因它的promoter和第一個exon是在什麼位置嗎？
: 我想要設計MSP的引子 需要這方面的資料
: 麻煩各位大大幫幫我 之前的一個網頁有這個功能
: 但不知道為什麼 最近一直上不去...
: 麻煩了 謝謝～
我的個人習慣是上NCBI用Gene尋找你的基因資料。
然後網頁右邊會有一些超連結，找UCSC或Ensembl。
在UCSC Gene Browser上找最完整的那一條mRNA或Reference sequence，點進去。
在Ensembl的聯結中找尋genomic information一項。
要不然，你也可以直接將你的序列送上UCSC Genome Browser上比對後找Reference seq.
在Ensembl上也可以對Gene一項做找尋你的基因的動作，然後找genomic information。
以SCN8A為例，我會先在NCBI的Gene上找SCN8A，然後點Homo Sapiens的那一個，出現：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=6334
右下有UCSC的超聯結，點進去後點RefSeq Gene
出現的畫面中找mRNA/Genomic Alignments，再點，
接下來你就 可以看圖說故事了。
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◆ From: 140.109.40.39
1F：推 ching323:什麼是UCSC和Ensembl,在NCBI找不到這個字眼 07/30 14:41
2F：推 gilchang:你有照例子點選進去了嗎？ 這兩個也是genome databases 07/31 16:10
3F：推 LuLowDa:來試試看，先說聲謝謝唷^^ 08/01 15:01
4F：推 gilchang:對了，並不是每個基因都可以套用這種方法。 08/09 02:31