作者gilchang (小了了)
看板Biotech
标题Re: [问题] 找寻基因的promoter和第一个exon区域
时间Fri Jul 28 22:38:14 2006
※ 引述《LuLowDa (...)》之铭言：
: 请问现在有网站可以清楚的告诉我们
: 一个基因它的promoter和第一个exon是在什麽位置吗？
: 我想要设计MSP的引子 需要这方面的资料
: 麻烦各位大大帮帮我 之前的一个网页有这个功能
: 但不知道为什麽 最近一直上不去...
: 麻烦了 谢谢～
我的个人习惯是上NCBI用Gene寻找你的基因资料。
然後网页右边会有一些超连结，找UCSC或Ensembl。
在UCSC Gene Browser上找最完整的那一条mRNA或Reference sequence，点进去。
在Ensembl的联结中找寻genomic information一项。
要不然，你也可以直接将你的序列送上UCSC Genome Browser上比对後找Reference seq.
在Ensembl上也可以对Gene一项做找寻你的基因的动作，然後找genomic information。
以SCN8A为例，我会先在NCBI的Gene上找SCN8A，然後点Homo Sapiens的那一个，出现：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=6334
右下有UCSC的超联结，点进去後点RefSeq Gene
出现的画面中找mRNA/Genomic Alignments，再点，
接下来你就 可以看图说故事了。
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.40.39
1F：推 ching323:什麽是UCSC和Ensembl,在NCBI找不到这个字眼 07/30 14:41
2F：推 gilchang:你有照例子点选进去了吗？ 这两个也是genome databases 07/31 16:10
3F：推 LuLowDa:来试试看，先说声谢谢唷^^ 08/01 15:01
4F：推 gilchang:对了，并不是每个基因都可以套用这种方法。 08/09 02:31