假設有三條蛋白質序列 p1 p2 p3 以 .fasta 格式 放在同一個 test.txt 檔案中 而今天我有需要將這三條蛋白質序列分別兩兩做Blast 的動作 於是我就將這個檔案另存成一個名為 db 的檔案 並將db 轉換成Blast 所需要的資料庫格式 (formatdb -p T -i db) 但是當執行blastall 時 (blastall -m 8 -p blastp -d db -i test.txt -o out.txt) 我只得到了 (p1,p1) (p1,p3) (p2,p2) (p2,p3) (p3,p1) (p3,p3) 共六種比對結果 少了(p1, p2) 或 (p2, p1) 的結果 而我所想要得到的應該是所有蛋白質序列兩兩比對的結果 (共九種結果) 或是其中的上三角形或下三角形的結果 (全部扣除掉重複的部分) 而如果序列更多時，會漏掉更多結果 請問有沒有其他Unix軟體或辦法可以解決這問題? (我用的是 ncbi 的 blast-2.2.14) 我實在不想把序列全部分成一個個的檔案再寫程式用 bl2seq 兩兩去跑 (很耗時) 請板上對blast 熟悉的先進予以回答 謝謝 --

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