假设有三条蛋白质序列 p1 p2 p3 以 .fasta 格式 放在同一个 test.txt 档案中 而今天我有需要将这三条蛋白质序列分别两两做Blast 的动作 於是我就将这个档案另存成一个名为 db 的档案 并将db 转换成Blast 所需要的资料库格式 (formatdb -p T -i db) 但是当执行blastall 时 (blastall -m 8 -p blastp -d db -i test.txt -o out.txt) 我只得到了 (p1,p1) (p1,p3) (p2,p2) (p2,p3) (p3,p1) (p3,p3) 共六种比对结果 少了(p1, p2) 或 (p2, p1) 的结果 而我所想要得到的应该是所有蛋白质序列两两比对的结果 (共九种结果) 或是其中的上三角形或下三角形的结果 (全部扣除掉重复的部分) 而如果序列更多时，会漏掉更多结果 请问有没有其他Unix软体或办法可以解决这问题? (我用的是 ncbi 的 blast-2.2.14) 我实在不想把序列全部分成一个个的档案再写程式用 bl2seq 两两去跑 (很耗时) 请板上对blast 熟悉的先进予以回答 谢谢 --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 140.119.162.50