作者kontracello (隱藏的華麗深奧)
看板Biotech
標題Re: [問題] 有關序列分析, 要用到生資概念......
時間Fri Aug 18 20:01:50 2006
※ 引述《malate (陶波湖上舞煙波)》之銘言：
: 我手上有一個基因完整的蛋白質序列
: 其中有幾個胺基酸構成一個motif
: 此種motif在這一個片段中重複了數次
: 我想找其他生物的各類基因中是否也有此類似的情況發生(motif序列相似的情況下)
: 各位大大知道有哪幾個平台可以做這樣的分析嗎
推薦一個簡單的作法, 通常你想要做的事別人已經想過了 :P
所以找現有的應用程式會快些
1. 裝 EMBOSS 在電腦中 (
http://www.emboss.org)
很不幸的 (或是說很幸運的 :P)
EMBOSS 沒有 Windows 版本, 弄一台 Unix 電腦來吧
2. 裝你想要用的 database (ex. swissprot, trembl, nr ...etc)
(如果有人有提供 EMBOSS 的服務那更好, 如果對 unix 不熟的話)
3. 使用 patmatdb 功能
(
http://emboss.sourceforge.net/apps/release/4.0/emboss/apps/patmatdb.html)
找你要的 Motif
4. 接下來的分析可以使用 clustalw 之類的 ...
對了, 有沒有人也喜歡用 EMBOSS 的啊 ^^
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Domine ad adjuvandum me festina.
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.91.184
1F：推 chhuang:那自己裝個 SRS 就好啦... 08/20 10:17
2F：推 kontracello:抱歉, SRS 是啥 ? 08/20 19:22
※ 編輯: kontracello 來自: 140.109.91.184 (08/20 23:44)
4F：推 kontracello:看了一下 geneious, 有幾個簡單的功能居然要錢 .. 08/20 23:45
5F：→ kontracello:不過整合性的性質看起來不錯, 介面也漂亮 08/20 23:47
6F：→ kontracello:部分功能也像 ncbi toolkits 08/20 23:47
7F：→ kontracello:拿來當 client 不錯, 可是實際上工作就不行了 08/20 23:48
8F：推 lingon:要做什麼, 自己寫吧... 08/21 02:06
9F：推 malate:感謝大家提供的意見,有結果再來跟大家報告我的方法~~ 08/21 09:57
11F：→ chhuang:需要安裝、或是客製化.找我們公司 XD 08/22 17:20