作者kontracello (隐藏的华丽深奥)
看板Biotech
标题Re: [问题] 有关序列分析, 要用到生资概念......
时间Fri Aug 18 20:01:50 2006
※ 引述《malate (陶波湖上舞烟波)》之铭言：
: 我手上有一个基因完整的蛋白质序列
: 其中有几个胺基酸构成一个motif
: 此种motif在这一个片段中重复了数次
: 我想找其他生物的各类基因中是否也有此类似的情况发生(motif序列相似的情况下)
: 各位大大知道有哪几个平台可以做这样的分析吗
推荐一个简单的作法, 通常你想要做的事别人已经想过了 :P
所以找现有的应用程式会快些
1. 装 EMBOSS 在电脑中 (
http://www.emboss.org)
很不幸的 (或是说很幸运的 :P)
EMBOSS 没有 Windows 版本, 弄一台 Unix 电脑来吧
2. 装你想要用的 database (ex. swissprot, trembl, nr ...etc)
(如果有人有提供 EMBOSS 的服务那更好, 如果对 unix 不熟的话)
3. 使用 patmatdb 功能
(
http://emboss.sourceforge.net/apps/release/4.0/emboss/apps/patmatdb.html)
找你要的 Motif
4. 接下来的分析可以使用 clustalw 之类的 ...
对了, 有没有人也喜欢用 EMBOSS 的啊 ^^
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Domine ad adjuvandum me festina.
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.91.184
1F：推 chhuang:那自己装个 SRS 就好啦... 08/20 10:17
2F：推 kontracello:抱歉, SRS 是啥 ? 08/20 19:22
※ 编辑: kontracello 来自: 140.109.91.184 (08/20 23:44)
4F：推 kontracello:看了一下 geneious, 有几个简单的功能居然要钱 .. 08/20 23:45
5F：→ kontracello:不过整合性的性质看起来不错, 介面也漂亮 08/20 23:47
6F：→ kontracello:部分功能也像 ncbi toolkits 08/20 23:47
7F：→ kontracello:拿来当 client 不错, 可是实际上工作就不行了 08/20 23:48
8F：推 lingon:要做什麽, 自己写吧... 08/21 02:06
9F：推 malate:感谢大家提供的意见,有结果再来跟大家报告我的方法~~ 08/21 09:57
11F：→ chhuang:需要安装、或是客制化.找我们公司 XD 08/22 17:20