作者aggaci (學鋼琴，左手怎麼那麼笨)
看板Biotech
標題Re: CHIP assay
時間Wed Oct 11 01:17:46 2006
※ 引述《haveacat (有隻貓)》之銘言：
最近在做CHIP assay (chromatin immunoprecipitation assay)
negative組別 我是不加抗體 所以正常是沉澱不下DNA
但是最後利用PCR偵測 卻一直夾出DNA片段 其他別組加抗體的也有夾出片段
只是negative一直無法很乾淨 wash buffer用 TSE-500*3 LiCl*1 TE*3去洗
是否其他人有經驗 如何降低non-specific binding
PS: sonication後 DNA片段已到200-1000bp間了
我也照protocal加agarose beads時 混入salmon sperm DNA和BSA
難道還有其它小技巧嗎
幫幫解個惑吧????/ 謝謝
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◆ From: 163.15.174.67
※ 編輯: haveacat 來自: 163.15.174.67 (07/26 21:50)
1F：推 Helene:你的blocking怎麼做的 07/27 11:14
2F：推 asapeman:protein A 中要加salmon sperm DNA,就可降低 07/29 20:12
3F：推 asapeman:我打錯了,是應該會降低才對呀@@ 07/29 20:16
唉唉 最近也摸到了ChIP，也碰到了跟原PO一樣的問題
我用的抗體是確定能做ChIP的
而我的PCR cycle數為25個
做了好幾個條件就是無法降低negative control(IgG)的訊號
有沒強者可以幫忙一下
p.s 我的blocking condition
0.1 mg ssDNA/ml+1 mg BSA/ml將protein A beads先saturation
Any help and suggestion would be greatly appreciated!! Thanks a lot.
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◆ From: 140.114.100.165
※ 編輯: aggaci 來自: 140.114.100.165 (10/11 01:18)
4F：推 shaline:先將lysate+bead去除nonspecific binding， 10/19 16:48
5F：→ shaline:再將sup.進行ChIP 10/19 16:49