作者patrickp1005 (tommy)
看板Biotech
標題[問題] TritonX-100 soluble and insoluble 的不同?
時間Mon Nov 13 16:46:55 2006
最近看 paper 的時候發現
有的人會分別收
TritonX-100 soluble and TritonX-100 insoluble cell extracts
來進行 Western blot
我想知道的是...
這兩種 fractions (TritonX-100 soluble and TritonX-100 insoluble)
所收集到的 proteins 性質上有什麼差異?
舉例來說:
我看到的這篇 paper 中,將細胞處理 MG132(a proteasome inhibitor)
原本他假設某個compound會促進某個protein進行proteasomal-deprendent degradation
所以預期加入proteasome inhibitor會block此target protein 進行degradation
但是他要看的 target protein 在 TritonX-100 soluble fraction 中並沒有增加
結果他又另外做了 TritonX-100 insoluble fraction 結果是增加的
於是作者提出結論認為此compound的確會促進
此 target protein進行proteasomal-deprendent degradation
所以我想知道TritonX-100 soluble 和 insoluble fraction 有何差異?
這是否代表 ubiquitinated proteins 是屬於 TritonX-100 insoluble?
我發現不少 paper 都會進行這樣的分離
但不是很清楚這樣做的目的何在?
有沒有人可以提供一些資訊呢?
補充說明:
For preparation of Triton X-100 soluble and insoluble fractions,
After removal of Triton X-100 soluble cell lysate supernatants
by centrifugation, the pellets were washed once with the lysis buffer
and 1x SDS loading buffer (50 μL) was then added to the pellets and
heated at 95°C for 15 minutes to dissolve the Triton X-100-insoluble proteins.
收cell lysates的lysis buffer含有低%的TritonX-100
本篇作者將離心過後的pellets再用SDS loading buffer回溶得到
Triton X-100 insoluble fractions
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◆ From: 61.216.103.208
1F：→ apa9394:TritonX-100是non-ion detergent...加了會使protein 11/13 18:34
2F：→ apa9394:被拉直而改變了structure吧... 11/13 18:35
3F：→ apa9394:而且重點在於這類protein這種方法也只是初步區分的2分法.. 11/13 18:35
4F：→ apa9394:要將該類protein分類完整要通column吧... 11/13 18:37
5F：→ apa9394:just guess... 11/13 18:39
6F：推 havenn:應該是初步的分membrane protein 在 TritonX-100 fraction 11/13 18:43
7F：推 apa9394:原來是利用 detergent使membrane protein糾成一團... 11/13 18:56
8F：→ apa9394:可是聽說現在不是很多KIT在分membrane protein效果還不錯 11/13 18:58
9F：推 blence:有些人用低%T100來區分cytosolic與nucleus fraction 11/13 19:33
10F：推 blence:上面給的資訊太少,不過照常理應該是說poly-ubi讓protein被 11/13 19:39
11F：→ blence:核內蛋白分解,而在MG132的作用下,核內的蛋白分解機制消失了 11/13 19:43
12F：推 patrickp1005:回blence,你說的沒錯... 11/13 20:05
13F：→ patrickp1005:但在X100 soluble fraction中,밠 11/13 20:06
14F：→ patrickp1005:target protein量沒有增加,在 insoluble fraction中 11/13 20:07
15F：→ patrickp1005:卻是增加的..所以我才很納悶... 11/13 20:08
16F：→ patrickp1005:soluble和insoluble到底差在哪裡 11/13 20:08
17F：推 patrickp1005:再請問一下 %T100 soluble 是在 nuclear or cytolsol 11/13 20:11
※ 編輯: patrickp1005 來自: 61.216.103.208 (11/13 20:25)
※ 編輯: patrickp1005 來自: 61.216.103.208 (11/13 20:32)
※ 編輯: patrickp1005 來自: 61.216.103.208 (11/13 20:33)