作者shonshonGie (＄７５)
看板Biotech
標題[求救] 請問除了NCBI外,還有那些gene bank?
時間Sat Feb 2 02:24:13 2008
因為手上有一對primer 想知道對應的accession number
但是忘了是哪篇paper出來了 >"<
用blastn也對不出來我們想要看的物種
已確定這對primer在我們實驗物種細胞裡 是可以夾出東西的
primer序列也沒有錯誤
所以想用其他gene bank來搜尋 找點一線希望 @_@"
我印象中日本跟德國好像也有一個gene bank
但是忘了是什麼名字 想請各位幫助我回憶一下
感謝大家 實驗必定順利順利 ^^
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 218.167.13.49
1F：推 hajimels:你blastn parameters怎麼設?問題應該出在你alignment上 02/02 06:30
2F：→ hajimels:另外現在database很多 www.genecards.org 整合很多資訊 02/02 06:31
3F：推 JemmyTsai:日本的？你說KEGG嗎？ 還有一個Swiss-Prot(UK) 02/02 19:58
4F：推 MrCAKE:日本有DDBJ 歐洲是EMBL 不過資料是互通的 差別不大 02/02 20:25
5F：推 nightcatman:三者資料互通,所以你用NCBI找不到,到其他兩個找也一樣 02/04 10:28
6F：→ nightcatman:另外三樓,KEGG不是專門用來存序列的,資料不會比NCBI多 02/04 10:29
7F：→ nightcatman:,而Swiss-Prot是專門存protein序列,和原po的要求不符, 02/04 10:30
8F：→ nightcatman:且Swiss-Prot就已經告訴你是在Swiss了,不是在UK 02/04 10:31
9F：→ nightcatman:最後,一樓的問題才是關鍵,因為primer太短,參數設不好 02/04 10:32
10F：→ nightcatman:的話就得不到alignment,不一定是資料庫的問題 02/04 10:33
12F：推 Chord7:nightcatman正解。三者資料庫互通 02/04 16:38