作者shonshonGie (＄７５)
看板Biotech
标题[求救] 请问除了NCBI外,还有那些gene bank?
时间Sat Feb 2 02:24:13 2008
因为手上有一对primer 想知道对应的accession number
但是忘了是哪篇paper出来了 >"<
用blastn也对不出来我们想要看的物种
已确定这对primer在我们实验物种细胞里 是可以夹出东西的
primer序列也没有错误
所以想用其他gene bank来搜寻 找点一线希望 @_@"
我印象中日本跟德国好像也有一个gene bank
但是忘了是什麽名字 想请各位帮助我回忆一下
感谢大家 实验必定顺利顺利 ^^
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 218.167.13.49
1F：推 hajimels:你blastn parameters怎麽设?问题应该出在你alignment上 02/02 06:30
2F：→ hajimels:另外现在database很多 www.genecards.org 整合很多资讯 02/02 06:31
3F：推 JemmyTsai:日本的？你说KEGG吗？ 还有一个Swiss-Prot(UK) 02/02 19:58
4F：推 MrCAKE:日本有DDBJ 欧洲是EMBL 不过资料是互通的 差别不大 02/02 20:25
5F：推 nightcatman:三者资料互通,所以你用NCBI找不到,到其他两个找也一样 02/04 10:28
6F：→ nightcatman:另外三楼,KEGG不是专门用来存序列的,资料不会比NCBI多 02/04 10:29
7F：→ nightcatman:,而Swiss-Prot是专门存protein序列,和原po的要求不符, 02/04 10:30
8F：→ nightcatman:且Swiss-Prot就已经告诉你是在Swiss了,不是在UK 02/04 10:31
9F：→ nightcatman:最後,一楼的问题才是关键,因为primer太短,参数设不好 02/04 10:32
10F：→ nightcatman:的话就得不到alignment,不一定是资料库的问题 02/04 10:33
12F：推 Chord7:nightcatman正解。三者资料库互通 02/04 16:38