作者showponn (showpon)
看板Biotech
標題Re: [求救] 蛋白質3D結構
時間Tue Feb 26 11:50:31 2008
※ 引述《McRay (西施就是愛的天使)》之銘言：
: 這邊的complex是指protein-nucleotide or protein-protein 的複合體
: 還是指一個PDB file裡面許多組座標都是表示同一個蛋白或是複合體?
感謝lingon大、WilliamF大、McRay大熱情回答
我目前有去PDB跟NCBI找過
發現得到的結構資料都是類似這樣
THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESTROGEN RECEPTOR DNA-BINDING DOMAIN
BOUND TO DNA: HOW RECEPTORS DISCRIMINATE BETWEEN THEIR RESPONSE ELEMENTS
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1HCQ
它裡面或許有包含ESTROGEN RECEPTOR(ESR1)的結構資料 但是不見得完整
而且有的complex成員更複雜 更難用程式去判斷哪一部分是我要找的
假設我現在要找的是的完整的蛋白結構 感覺就比較難找到
也許認真找可以找到
不過我需要的是幾百個 甚至是全人類蛋白資料庫(Swiss-Prot)裡所有蛋白的完整結構
不知道這種資料 有沒有什麼方法可以取得?
PS.真的很謝謝你們的回答 你們提到的工具 我也會試著去研究看看的 感謝!!
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◆ From: 140.116.245.197
1F：推 McRay:到pdb的advanced search裡面去找找看 02/26 11:52
2F：→ McRay:限定好你要的範疇 應該就可以找到 02/26 11:53
3F：→ McRay:你要試著分析DNA RNA與PROTEIN命名的差別 就可以用程式去抓ꐠ 02/26 11:54
4F：推 lingon:我那辦法應該可以解決你的問題, 用一個structure當bait 02/26 11:54
5F：→ lingon:然後下載所有有可能的pdb, 寫個script 找rmsd差距最小的 02/26 11:55
6F：→ lingon:的structure從完整的pdb file 裡抓出來 02/26 11:56
7F：→ lingon:mmtsb 就有現成的rmsd 程式 02/26 11:57
8F：→ lingon:說起來, ncbi好像有structural blast, 你可以去看看 02/26 11:58
9F：→ showponn:to McRay:以ESR1為例 就算我用advanced search 02/26 12:10
10F：→ showponn:還是只能找到ESTROGEN RECEPTOR的LIGAND-BIND DOMAIN 02/26 12:12
11F：→ showponn:而不是完整的ESR1結構 他只包含一部分而已 02/26 12:13
12F：→ showponn:還是現有蛋白質結構資料 都是用這種方式儲存? 02/26 12:14
13F：→ showponn:TO lingon:也是同樣的問題 因為我發現PDB裡面 02/26 12:16
14F：→ showponn:似乎蛋白質結構資料 都只是Binding domain部分的資料 02/26 12:17
15F：→ showponn:而不是完整的蛋白質結構 不知道我這樣有沒有說錯? 02/26 12:18
16F：→ showponn:抱歉剛跨入此領域不久 可能問題會有點蠢 請見諒 02/26 12:19
17F：推 lingon:嘗試ncbi 的vast search, 用單一完整的ESR1 protein 02/26 22:26
18F：→ lingon:來找尋其他完整的ESR1 02/26 22:27
19F：→ showponn:大概有想法了 謝謝所有回答我的人! 這個板高手真多 02/26 23:49