作者showponn (showpon)
看板Biotech
标题Re: [求救] 蛋白质3D结构
时间Tue Feb 26 11:50:31 2008
※ 引述《McRay (西施就是爱的天使)》之铭言：
: 这边的complex是指protein-nucleotide or protein-protein 的复合体
: 还是指一个PDB file里面许多组座标都是表示同一个蛋白或是复合体?
感谢lingon大、WilliamF大、McRay大热情回答
我目前有去PDB跟NCBI找过
发现得到的结构资料都是类似这样
THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESTROGEN RECEPTOR DNA-BINDING DOMAIN
BOUND TO DNA: HOW RECEPTORS DISCRIMINATE BETWEEN THEIR RESPONSE ELEMENTS
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1HCQ
它里面或许有包含ESTROGEN RECEPTOR(ESR1)的结构资料 但是不见得完整
而且有的complex成员更复杂 更难用程式去判断哪一部分是我要找的
假设我现在要找的是的完整的蛋白结构 感觉就比较难找到
也许认真找可以找到
不过我需要的是几百个 甚至是全人类蛋白资料库(Swiss-Prot)里所有蛋白的完整结构
不知道这种资料 有没有什麽方法可以取得?
PS.真的很谢谢你们的回答 你们提到的工具 我也会试着去研究看看的 感谢!!
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.116.245.197
1F：推 McRay:到pdb的advanced search里面去找找看 02/26 11:52
2F：→ McRay:限定好你要的范畴 应该就可以找到 02/26 11:53
3F：→ McRay:你要试着分析DNA RNA与PROTEIN命名的差别 就可以用程式去抓ꐠ 02/26 11:54
4F：推 lingon:我那办法应该可以解决你的问题, 用一个structure当bait 02/26 11:54
5F：→ lingon:然後下载所有有可能的pdb, 写个script 找rmsd差距最小的 02/26 11:55
6F：→ lingon:的structure从完整的pdb file 里抓出来 02/26 11:56
7F：→ lingon:mmtsb 就有现成的rmsd 程式 02/26 11:57
8F：→ lingon:说起来, ncbi好像有structural blast, 你可以去看看 02/26 11:58
9F：→ showponn:to McRay:以ESR1为例 就算我用advanced search 02/26 12:10
10F：→ showponn:还是只能找到ESTROGEN RECEPTOR的LIGAND-BIND DOMAIN 02/26 12:12
11F：→ showponn:而不是完整的ESR1结构 他只包含一部分而已 02/26 12:13
12F：→ showponn:还是现有蛋白质结构资料 都是用这种方式储存? 02/26 12:14
13F：→ showponn:TO lingon:也是同样的问题 因为我发现PDB里面 02/26 12:16
14F：→ showponn:似乎蛋白质结构资料 都只是Binding domain部分的资料 02/26 12:17
15F：→ showponn:而不是完整的蛋白质结构 不知道我这样有没有说错? 02/26 12:18
16F：→ showponn:抱歉刚跨入此领域不久 可能问题会有点蠢 请见谅 02/26 12:19
17F：推 lingon:尝试ncbi 的vast search, 用单一完整的ESR1 protein 02/26 22:26
18F：→ lingon:来找寻其他完整的ESR1 02/26 22:27
19F：→ showponn:大概有想法了 谢谢所有回答我的人! 这个板高手真多 02/26 23:49