作者huggie (huggie)
站内Acad_discuss
标题[政见] BioMedInfo 板
时间Tue May 27 15:40:27 2008
政见
生物医学资讯是一个相对新兴、跨领域的学门。国内投入此领域已有数年,
但也许是这个领域人数不多的缘故,缺乏专属沟通的平台。过去其实也曾经
有生物资讯专门论坛设立,但知道的人不多,参与的人更少。其实除了生医
资讯人以外,今日的生物人在研究中,也往往不脱广义的生物资讯的范畴。
何谓生物医学资讯?生物医学资讯是藉由资工、统计、数学、生化等来研究
生物以及医学的议题。在生物学方面,在三千多个物种的基因体定序完成的
今日,以及各种高通量实验资料的出现,对於进一步了解生物学提供了机会
,但也造成了分析上的困难。在医学方面,随着各种基础设施的建构,加速
了对於各种临床数据的蒐集,也希望能对这些资料进行分析,归纳出对於诊
断以及治疗有用的资讯。本质上似乎这是两个议题,但共同的是,希望藉由
跨领域的人才一起研究一堆看似杂乱无章的数据,提出进一步的假设。
生物资讯具体的分析在参考 Wikipedia 以及 Bioinformatics.org 之後,
或许可以粗分成以下几类(概略的分法,各领域之间有不少重叠部份):
序列分析/比较基因体学 (Comparative Genomics)
基因注解 (Genome Annotation/Gene Finding)
资讯演化生物学 (Compuational Evolutionary Biology)
基因表现分析 (Analysis of Gene Expression)
蛋白质表现分析 (Analysis of Protein Expression)
功能性基因体研究 (Functional Genomics)
蛋白质体学 (Proteomics)
结构基因体学 (Structural Genomics)
系统生物学 (Systems Biology)
医学资讯则牵扯到基础建设的建立,例如蒐集并且处理资料,以及对这些资
料做进一步的推论。由於本人(huggie)对这方面不是非常的了解,因此先
且略过。有待於对医学资讯琢磨较深的板友来补充。
以上是较详细的定义,但广义的来说,任何藉由电脑来处理生物或医学资料
的方法即是生医资讯。举凡资料的存取、分析、以及预测,皆为生医资讯的
一种应用。因此,我想不只生医资讯人能受益於此板的讨论,也希望生物人
能多多利用这个平台,只要不是单纯 wet bench 实验上面的问题,牵扯到
工具方面的使用,就是本板的好问题。
因此,本板的讨论范围很广泛,暂分为以下几项:
1. 工具
网路资源例如 NCBI、PDB 以及各式资料库,或者分析工具例如 BLAST、
Sequest等,凡是在研究中所遇到的,工具上的使用皆为此类。
2. 程式
生物资讯传统上比较常用的程式为 Perl 与 Java ,但其他工具如 C,
Python 等使用的人也不少。凡程式方面,比较需要生物背景知识相关
的,例如相关套件使用(BioPerl,BioJava,BioPython 等),或者是
比较基础的程式问题皆规於此类。
3. 用语
由於是跨领域的学科,许多人背景另有专攻,刚接触这个领域时不免对
於一些简单的基本英文用字有不少障碍,看期刊颇有困难,普查字典也
不得其解(本人曾深感其苦,现在也尚未完全解脱)。希望生物背景较
扎实的板友能为初踏入此领域的人解惑。相对地,生物背景在接受资讯
方面的训练的时候或许也有类似困扰,也希望大家能倾囊相助。
4. 其他研究问题
各子领域都有其研究上面的问题,凡与生医资讯此大伞相关,dry lab
实验的问题,都适用於此板。
5. 消息
监於生医资讯方面讨论的很少。本板除了作为一个问答的论坛以外,也
希望板友能提供最新的消息以及知识。不论消息来源是新闻,还是最近
发表的期刊,或者来自於研讨会的演讲,都可以提供消息,亦或可加入
一些个人看法以及心得,提昇讨论的风气,刺激板友新的想法与新做法
。希望本板能在论坛之外,作为一个蒐集新闻的平台。
6. 会议
若有相关的研讨会,课程以及讲习营等消息,只要是开放外界参加的,
也希望大家提供给有兴趣的人知道。
因为个人背景的关系,以上讨论也不免偏好生资方面,希望有医资方面的人
才来一起参与。另外,本板原本是要由 realism 发起,无奈文章数不够,
目前仍在冲文章数中,因此由本人代为发起。不过,我是真的才疏学浅(非
自谦),望能抛砖引玉,也希望大家能对於本板板务提供一些意见,谢谢!
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