作者realism ()
看板Acad_discuss
标题[政见] BioMedInfo 板
时间Fri May 30 19:05:46 2008
做一点补充:
近几年来 无论国内国外 渐渐开始把生物资讯 改称为生物医学资讯
(e.g. Bioinformatics Institute --> Biomedical Informatics Institute)
细看这个名词可以发现 生物到医学 即是基础到临床 这个领域便是希望藉由资讯
技术 整合两个点为线 进而加速其发展
此版已此为名 当然也是希望更多在这条线上的人们 可以藉由这个版
凝聚不同领域的共识 创造互通互信的语言 更能找到为彼此连结的那条线
※ 引述《huggie (huggie)》之铭言:
: 政见
: 生物医学资讯是一个相对新兴、跨领域的学门。国内投入此领域已有数年,
: 但也许是这个领域人数不多的缘故,缺乏专属沟通的平台。过去其实也曾经
: 有生物资讯专门论坛设立,但知道的人不多,参与的人更少。其实除了生医
: 资讯人以外,今日的生物人在研究中,也往往不脱广义的生物资讯的范畴。
: 何谓生物医学资讯?生物医学资讯是藉由资工、统计、数学、生化等来研究
: 生物以及医学的议题。在生物学方面,在三千多个物种的基因体定序完成的
: 今日,以及各种高通量实验资料的出现,对於进一步了解生物学提供了机会
: ,但也造成了分析上的困难。在医学方面,随着各种基础设施的建构,加速
: 了对於各种临床数据的蒐集,也希望能对这些资料进行分析,归纳出对於诊
: 断以及治疗有用的资讯。本质上似乎这是两个议题,但共同的是,希望藉由
: 跨领域的人才一起研究一堆看似杂乱无章的数据,提出进一步的假设。
: 生物资讯具体的分析在参考 Wikipedia 以及 Bioinformatics.org 之後,
: 或许可以粗分成以下几类(概略的分法,各领域之间有不少重叠部份):
: 序列分析/比较基因体学 (Comparative Genomics)
: 基因注解 (Genome Annotation/Gene Finding)
: 资讯演化生物学 (Compuational Evolutionary Biology)
: 基因表现分析 (Analysis of Gene Expression)
: 蛋白质表现分析 (Analysis of Protein Expression)
: 功能性基因体研究 (Functional Genomics)
: 蛋白质体学 (Proteomics)
: 结构基因体学 (Structural Genomics)
: 系统生物学 (Systems Biology)
: 医学资讯则牵扯到基础建设的建立,例如蒐集并且处理资料,以及对这些资
: 料做进一步的推论。由於本人(huggie)对这方面不是非常的了解,因此先
: 且略过。有待於对医学资讯琢磨较深的板友来补充。
: 以上是较详细的定义,但广义的来说,任何藉由电脑来处理生物或医学资料
: 的方法即是生医资讯。举凡资料的存取、分析、以及预测,皆为生医资讯的
: 一种应用。因此,我想不只生医资讯人能受益於此板的讨论,也希望生物人
: 能多多利用这个平台,只要不是单纯 wet bench 实验上面的问题,牵扯到
: 工具方面的使用,就是本板的好问题。
: 因此,本板的讨论范围很广泛,暂分为以下几项:
: 1. 工具
: 网路资源例如 NCBI、PDB 以及各式资料库,或者分析工具例如 BLAST、
: Sequest等,凡是在研究中所遇到的,工具上的使用皆为此类。
: 2. 程式
: 生物资讯传统上比较常用的程式为 Perl 与 Java ,但其他工具如 C,
: Python 等使用的人也不少。凡程式方面,比较需要生物背景知识相关
: 的,例如相关套件使用(BioPerl,BioJava,BioPython 等),或者是
: 比较基础的程式问题皆规於此类。
: 3. 用语
: 由於是跨领域的学科,许多人背景另有专攻,刚接触这个领域时不免对
: 於一些简单的基本英文用字有不少障碍,看期刊颇有困难,普查字典也
: 不得其解(本人曾深感其苦,现在也尚未完全解脱)。希望生物背景较
: 扎实的板友能为初踏入此领域的人解惑。相对地,生物背景在接受资讯
: 方面的训练的时候或许也有类似困扰,也希望大家能倾囊相助。
: 4. 其他研究问题
: 各子领域都有其研究上面的问题,凡与生医资讯此大伞相关,dry lab
: 实验的问题,都适用於此板。
: 5. 消息
: 监於生医资讯方面讨论的很少。本板除了作为一个问答的论坛以外,也
: 希望板友能提供最新的消息以及知识。不论消息来源是新闻,还是最近
: 发表的期刊,或者来自於研讨会的演讲,都可以提供消息,亦或可加入
: 一些个人看法以及心得,提昇讨论的风气,刺激板友新的想法与新做法
: 。希望本板能在论坛之外,作为一个蒐集新闻的平台。
: 6. 会议
: 若有相关的研讨会,课程以及讲习营等消息,只要是开放外界参加的,
: 也希望大家提供给有兴趣的人知道。
: 因为个人背景的关系,以上讨论也不免偏好生资方面,希望有医资方面的人
: 才来一起参与。另外,本板原本是要由 realism 发起,无奈文章数不够,
: 目前仍在冲文章数中,因此由本人代为发起。不过,我是真的才疏学浅(非
: 自谦),望能抛砖引玉,也希望大家能对於本板板务提供一些意见,谢谢!
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