作者auymle (.....)
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标题Re: [工具] 有没有程式可以从distance matrix作tree
时间Tue Jun 10 14:01:29 2008
※ 引述《auymle (.....)》之铭言：
: 我介绍一个工具好了
: 是中研院统计所老师所开发出来的工具
: 叫做GAP (Generalized Associated Plots)
: 网址在这http://gap.stat.sinica.edu.tw/Software/GAP/
: 虽然还只是beta版本
: 但是该有的功能都有了
: 虽然还有一些不人性化的地方
: 例如档案输出的部分还没有很好
: 所以我图大部分都是用print screen的方式弄出来
: 如果不知道该怎麽用
: 或者出来的图不知道怎麽解读的话
: 可以再问我
我介绍的这个软体主要是用来做clustering的visualization
刚刚又稍微看了一下你的问题
发现我介绍的这个工具好像不是很符合你的需求
如果只是纯粹要从pairwise distance matrix
画phylogeneitc tree的话
其实还真的有很多工具
刚刚看到一个感觉还不错
画出来的图还不致於太丑
只是不知道好不好用
他的网站在这
http://pearl.cs.pusan.ac.kr/phylodraw/
他的paper:
http://tinyurl.com/4bvpmn
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.151.4
※ 编辑: auymle 来自: 140.129.151.4 (06/10 14:02)
1F：推 huggie:请问你 google 的时候参数下些什麽? 06/10 14:09
2F：→ auymle:distance matrix treeview 06/10 14:13
3F：→ afra33:哈 :P 谢谢 06/10 16:03
4F：→ afra33:使用结果: 这个程式似乎只能output出 图档的tree 06/10 17:57
5F：→ afra33:^^ 还是谢谢你 06/10 17:57
6F：推 realism:你要做的事情应该跟我ㄧ样 不过我想问你的dist档案格式? 06/10 20:22
7F：→ afra33:我不清楚distance有什麽特别的格式耶 我就只是一个2*2的 06/12 14:27
8F：→ afra33:table那样而已 06/12 14:28
9F：→ afra33:使用phylodraw时，我按照着她的sample file作出一个 06/12 14:28
10F：→ afra33:读进档案之後就可以画出tree了 不过她的tree之後只能以 06/12 14:29
11F：→ afra33:图片格式输出 (也就是branch不能转就是了) 06/12 14:29
12F：推 realism:我用tree-puzzle做出Matrix再用FastME来跑BIONJ 06/12 16:21