作者higamanami (大眼埃及猫)
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标题[求救] 找寻EMSA用的sequence
时间Mon May 25 01:00:38 2009
※ [本文转录自 Biotech 看板]
作者: higamanami (大眼埃及猫) 站内: Biotech
标题: [求救] 找寻EMSA用的sequence
时间: Mon May 25 00:59:56 2009
如题
由於这个基因目前没有人做过同物种的EMSA
有作过的只有大鼠的
现在首要之急是设计probe
我从promoser把基因的代码输入找寻Transcription start site前面的序列
觉得有点奇怪 竟然是将mRNA的代码输入 而不是该基因DNA的序列 (试过却找不到)
另外用人工比对的方式 在NCBI先查该基因的序列 然後再查mRNA的序列
来看出从哪个nucleotide开始之後是transcription start site
发现两个方法找到是不同的序列
到底哪个方法是正确的呢
另外 也请大家介绍几个预测transcription factor binding sequence的网站
目前我已试过JASPAR TRANSFAC Match Consite rVista PROMO
发现有些预测序列还差真多
真不知该选哪些 命中率才高
请大家提供一下经验
多谢罗
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