作者boblu (六百)
看板Biology
标题Re: [问题] 请教一个关於intron loss的问题
时间Sat Mar 12 03:45:31 2011
※ 引述《WinnieDad (小熊维尼的天才老爹)》之铭言:
: 【问题】:已定序的intron loss event,可否仅是PCR时amplified到被转译的基因
: 片段,而非真正的lost intron
: 【问题起因】:小弟於研究中发现到几个intron loss events并且得到该intron完全
: 切除的定序结果,为之兴奋不已。但是有教授质疑此结果可能是我做
: PCR时复制到刚好已完成转译的片段。
: 【个人看法】:由於整个DNA extraction过程中都有小心做RNase处理,理论上应该
: 不会发生转译完成的mRNA存在又被RT成cDNA後在PCR时增幅。另外;
: 跑胶的结果也都只有单一条cDNA size的band而已,如果是教授所说
: 的情况发生,应该会看到原本的基因片段和无intron的片段两条bands
: 同时存在。我用以上这两点解释时是蛮有信心的,可是教授一直在奸
: 笑,笑的我心发寒…
上文所有的转译,应称为转录
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教授的问题有些是在故意考验你
笑也可能是满意的表现 未必要担心太多
其实我觉得你结果已经相当可信
毕竟一般的 PCR 用的 taq(及其衍生型)根本不能放大 RNA 吧
当然 更直接的证据会是:
把其中一个primer 设计在你认为疑失了的 intron 上
作 PCR 证明该序列已经不存在(於原本的位置)
当然,要以 wildtype 作control 证明你的 primer pair / PCR 是有 work 的
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