作者dontsteal896 (violence阿公)
看板Biology
标题[问题] 基因表现量计算
时间Fri Apr 1 00:59:08 2022
如题
大家好
朋友在做rnaseq後
在分析完基因表现量再去找有显差基因的时候
给别人试跑後
跑出来的data的表现量有0
0应该是没有reads吧
但是fold change却可以算出来
想很久看不出来0还会有fold change
想请教大大
并附上excel图
https://i.imgur.com/G2l3srH.jpg
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1F：→ jjlee: 可能预设有 lower cut-off，查一下分析程式有没有说明 04/01 18:43
2F：推 Ezc: 去看看EdgeR的说明吧 04/05 20:47
4F：→ Ezc: 重点是你的对照组有count就有潜在生物意义，计较数字没意义 04/05 20:51
5F：推 Ezc: 只因为一组全是0就删掉是很stupid的事 04/05 20:53
6F：→ ttyyrruu: 一般来说，会先计算TPM or FPKM再计算FC，如果没有reads 08/03 18:00
7F：→ ttyyrruu: ，TPM or FPKM会标记为0.001(极小值)，这样就可以计算FC 08/03 18:00
8F：→ ttyyrruu: 了 08/03 18:00