作者niolas (要如何能值得?)
看板Biotech
标题Re: [问题] 有没有蛋白质3-D结构的prediction site?
时间Sat Oct 16 00:02:56 2004
※ 引述《AmyK (四片叶)》之铭言：
: ※ 引述《niolas (要如何能值得?)》之铭言：
: : 当然有这种好东西啦~
: : 上expasy找swiss-model进去就可以预测自己的sequence,
: : 或直接点网址 http://swissmodel.expasy.org/
: 谢谢你，我已经丢资料给网站了。
: : 他的左上方有个Modeling requests,点First Approach mode,
: : 再来就输入自己的E-mail还有想预测的sequence就可以了,
: : 大概过了半天(4~8小时)他就会寄个pdb file过来了~
: : 他的原理是和已知结构的sequence做local比对,若相似就会有相同的
: : folding方法,算是用cluster的方法,有些protein会预测的蛮准的,
: : 但我还蛮常收到和现实差距蛮大的结构 >"<
: : 所以说感觉还是modeller的预测会好一些,因为他是利用
: 不过我还想用一下你建议的modeller，
: 但下载程式下来後找不到可以开启的程式.... >.<
: 副档名为top的也开不起来..
: 可以请教你该怎麽使用吗？
: 谢谢~~
: : 给的sequence和已知结构的sequence做global比对,相似度高的
: : 再做类似的folding,所以会预测的准一些,只是缺点就是
: : 若你要的protein结构在database里没有相似的就比较容易预测失败~
: : 提供一点小心得,有误的话还请各为前辈指正,谢谢!
刚才查了一下modeller,网站有说明书可以download,
然後很多作业系统都有支援Unix,linux,Mac,WinXP,98,NT,
http://salilab.org/modeller/modeller.html
别忘了要下载pdb的database~
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1F：推 lofishive:请问安装好了要怎样使用啊 看不太懂耶 140.116.98.4 10/16