作者palan ()
看板Biotech
标题[问题] 想请教熟悉GROMACS操作的高手
时间Sat May 6 12:54:22 2006
刚接触这个软体
遇到了些问题 希望能有高手不吝给予指教
我希望模拟在lipid bilayer的环境
不过GROMACS原本的topology parameter files和simulation box似乎都没有lipid的资料
所以 我目前想到的作法是
1.用"pdb2gmx"产生蛋白的.top和.gro
2.将lipid bilayer的.pdb(含水)利用"editconf"转成.gro作为simulation box
并做了lipid的.itp
3.利用"editconf"和"genbox"将lipid的环境加入
4.修改前一步骤的.top(在ff後加"include lipid.itp" 在[molecule]後多加lipid的个数)
不过接着要进行grompp时就会显示error
"number of coordinates in coordinates file does not match topology file"
先感谢您耐心看完
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