作者ejohn (固执对我是种虐待)
看板Biotech
标题Re: [问题] 有关 DNA microarray
时间Mon May 22 18:27:39 2006
自问自答一部份 XD (多谢好友提供的网页)
http://www.ndhu.edu.tw/~life-science/exp/011.htm
※ 引述《ejohn (固执对我是种虐待)》之铭言:
: To identify the genes controlled by ursolic acid, E. coli K-12 ATCC
: 25404 was grown in LB medium overnight, diluted 1:100 in fresh LB
: supplemented with 0, 10, or 30 ug of ursolic acid/ml. The same amount
: of ethanol was supplemented to eliminate solvent effects. The cultures
: were grown to an OD600 of 0.9. The cells were centrifuged in a
: microcentrifuge for 15 s at 20,000 x g in Mini-Bead Beater tubes
: (Biospec, Bartlesville, Oklahoma) that were cooled to -80°C before
: sampling. The cell pellets were flash frozen in a dry ice-ethanol
: bath and stored at -80°C until RNA isolation.
: 问题一:为什麽添加乙醇可以消除溶剂效应啊?溶剂效应在这边有什麽影响?
我只记得有机教过溶剂效应会影响反应速率
朋友说乙醇消除溶剂效应可能和夺水反应有关
我想知道 为什麽要特地消除溶剂效应呢? (啊不就说会影响反应速率)
啊......我知道会影响速率啦 我的意思是......他是担心什麽受影响?
ursolic acid活性吗?medium的作用?或其他反应性质?
还是说ursolic acid会影响其他东西,所以要添加"等量"的乙醇?
: 问题二:为什麽要先冷冻到-80度再进行离心啊?
: 先冷却到-80度的用意是?是要弄破 cell 吗?还是有别的用途?
: 离心前要解冻吗?不解冻能分离吗?
所以说冷却到 -80 度的目的是避免原来 cell 中的 RNase 作用
是故研磨过程中要在冷冻下进行......But......分离呢?
这边用的是离心吧 使用微离心管
那要离心的时候 RNase 不是就有机会一展身手了吗?
要怎麽避免啊?有谁用离心分离过 RNA 的?
可以说一下大概的操作步骤 & 如何避免降解吗?
: 问题三:stored at -80°C until RNA isolation.
: 请问一下 这边是什麽原理啊?为什麽一直给它冰着就可以分离 RNA 咧?
所以说这边不是一直冰一直冰 RNA 就会分离 而是一直冰 冰到准备要拿来分离为止
我会错意了 XD
: The total RNA was isolated by following the protocol of the
: RNeasy Minikit (Qiagen), including an on-column DNase digestion
: with RNase-free DNase I (Qiagen). OD260 was used to quantify
: the RNA yield. 23S/16S rRNA values (measured by using a 2100
: Bioanalyzer, Agilent Technologies, Palo Alto, CA) and OD260 and
: OD280 values were used to check the purity and integrity of RNA
: (RNeasy Mini handbook; Qiagen).
: 问题四:RNase-free DNase I 是指?没有 RNase 的 or 没有 RNase 活性的?
: 我想问的差不多等同於 RNase-free water 是指 "去除 RNase 的水"
: 还是说水被处理过所以 RNase 不会作用之类的
所以仔细处理是指......变的没有 RNase 罗?还是去掉活性啊?
一般所谓 "仔细处理" 是怎麽做的?
: 问题五:rRNA value 是什麽东西啊?是用来做什麽的?
: 是说用这三个方法(rRNA value、OD260、OD280)检查RNA的纯度和完整性吗?
: 所以 rRNA value 主要是检验哪个?都有吗?还是纯度?还是完整性?
: How it works?
: 我在网路上还有看到其他的 rRNA value (如28s) ,他们的差别在哪里?
: 因为本身没接触过这些实验,所以实在很多不懂的,希望各先位进能指点一下 谢谢~
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幸福很单纯.........
所以只有单纯的人才能够拥有
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