※ 引述《hikarujun (Hikaru)》之铭言： : 你好呀 谢谢你的回答^^ : 所以同种颜色是同样"物种分类"吗 : 可是不知道同样分类指的是再哪一个层次相同呢? (ex:界门纲目科属种..) 没有一定在那个层次 比如说，在你这次的计算结果中，蓝色可能在门的层次 而绿色可能在目的层次…… 我之前在推文里说的「阶层不平行」就是这个意思 这个功能似乎受限於GenBank 序列的内的分类阶层顺序，还蛮无言的 不过其实也蛮好用的，很直觉，只是不合学理罢了 : 似乎不是"同种" 因为我自己做query的结果 : 有不同物种 但颜色仍是相同 不过隶属於同一目 : 另外想请问 你有提到相似程度可由branch length 来看 : 但在tree上的距离多近代表他们具有一定相似程度 就一般的演化树来说，你可以看它的scale bar的单位是什麽 就像比例尺一样，你可以回推你要看的节点间的branch length 然後大概知道这两个序列间的差异多大 至於多相似才叫做有一定的相似程度 这就要看你的目的是什麽了 对我来说，演化树提供了一个概观 若想知道两条序列间有多相似，我还是会回头去看alignment 另外，你在做blast的时候，blast的结果不是会告诉你， 你的query和subject间有多相似吗? 只要留心alignment的长度和位置，这也是一个相当有用的信息 : 或者是说 有没有一个依据 让我们知道在tree上怎麽样的距离 : 代表序列上怎麽样的相似程度呢 就是scale bar罗，注意其genetic distance的定义即可 你可以去下载一个很好用的免费软体 MEGA 3.1 只要将要分析的序列先用clustal做好multiple alignment後 用MEGA开启这个aln档，再转成mega自己的格式 就已经有很多演化树的演算法可以玩了 : 谢谢你 不用客气 : ※ 引述《mengyichen (死小胖)》之铭言： : : 我点了Tree view网页上方Sequence Label旁的问号来看(不用真的点，游标放在上面即可) : : 有一句话这麽说 : : The color of the leaf node indicates the Blast Name of the sequence. : : 於是我就在下方选单选了「Sequence ID (Blast Name)」 : : 我用的query sequence是2894208(GI number) : : 是Mycobacterium tuberculosis这种细菌中预测的蛋白质 : : 我发现蓝色的节点都一样是细菌的蛋白质 : : 而绿色的节点则是病毒的蛋白质 : : 所以我猜应该是用来标示序列来源的「物种」分类 : : 不是，相似程度可由branch length 来看 : : 不用客气，这个功能若不是因为你的问题，否则我也不会注意到 : : 其实每隔一阵子，NCBI都会将它的网页功能推陈出新 : : 像这个功能我就觉得真的蛮好用的，如果不是要做严格的亲缘分析的话 : : 可以省掉整理dataset的麻烦 --

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