作者miRNA (miRNA)
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标题Re: [问题] RT-PCR怎嚜没有出现band>"<
时间Sat Jul 15 10:45:25 2006
※ 引述《tsen (做实验做到快窒息@.@)》之铭言:
: 我使用的primer是在405bp的位置
: 但是跑完胶之後 用UV照射後却不见band出现
: 我同时间订了三对primer其他两对都做的出来
: 唯独这对很奇怪
: po一下这对primer的资料
: Primer F:35mer, GC content:51%, Tm为66.8度
: Primer R:26mer, GC content:54%, Tm为61.1度
: 跑完之後是连杂band都没有 好歹也出现个杂band阿
: 完全没有东西让人没有头绪阿 况且其他两对都做的出来阿
: 会是primer F太长了嘛?
: 麻烦各位大师帮我看一下阿>"< 感谢!!!
=====>if 去除掉太一般的技术问题, ex: 某管PCR漏加dNTP, primer漏加一根...
(这些都要请原po注意到)
预测的PCR product size是405 bp, 应该不会有做不出来的问题
真的如你所言,
同样的cDNA(我指一模一样的同一批, 同一管)大家都做的出来,
只有这组primer做不出来的话....
如果问题在primer上
最可能情况有如下二种:
1. 请check一下primer sequence的最後一个mer, 是不刚好在那个gene的SNP处
个人经验是primer 的最後一个nt如果mismatch, 是不可能做得出来的
上NCBI database查一下吧
2. 没看到你的primer sequence, 我不知道你这组primer
是不是self-dimer太严重, if so, 降annealing temp不一定做得出来
个人建议於PCR mixture中加入DMSO, 帮忙把2级结构打开
记得DMSO conc. <5%
如果问题在cDNA上
要注意那个gene是inducible or constitutive expression??
是不是induce得不好?? check一下药过期了没
呼... 我还是去做实验好了, 打字手真酸...
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◆ From: 59.112.90.52
1F:推 ShengChe:请问DMSO要用什麽溶剂稀释呢? 07/15 12:56
2F:推 apa9394:原PO是说在30-50ul的PCR mixture中加入微量DMSO.... 07/15 22:18
3F:推 sindbis:没错没错, 原po专业, 2楼有经验... 07/15 23:45