作者licary (看不见的真实)
看板Biotech
标题Re: CHIP assay
时间Sat Aug 5 13:38:44 2006
帮回一下推文的问题
原po买的那套 protein G+A 中已经混有salmon sperm DNA和BSA
所以 在在sonication完 确定DNA片段大小後 加入protein G+A 做pre-clear
之後离心 取上清加入抗体 反应一段时间後 再加入beads去抓
然後用了几种buffer wash .............
所以 在pre-clear过程中 应该是可以降低non-specific binding
但是 结果在negative中 却还是可以PCR出东西 所以不知道是什麽原因
不知道 其他人的wash方法有什麽不一样的 或者是protocal上 有那些建议
※ 引述《iceye (电子秤)》之铭言:
: ※ 引述《haveacat (有只猫)》之铭言:
: : 最近在做CHIP assay (chromatin immunoprecipitation assay)
: : negative组别 我是不加抗体 所以正常是沉淀不下DNA
: : 但是最後利用PCR侦测 却一直夹出DNA片段 其他别组加抗体的也有夹出片段
: : 只是negative一直无法很乾净 wash buffer用 TSE-500*3 LiCl*1 TE*3去洗
: : 是否其他人有经验 如何降低non-specific binding
: : PS: sonication後 DNA片段已到200-1000bp间了
: : 我也照protocal加agarose beads时 混入salmon sperm DNA和BSA
: : 难道还有其它小技巧吗
: : 帮帮解个惑吧????/ 谢谢
: 我是照protocal上面 sonication完细胞後 离心
: 先加入Agarose G+A (含有salmon sperm DNA和BSA) 先pre-clear
: 再加入抗体 以及 一组未加抗体negative control 进行实验
: 之後再加入 入Agarose G或A (这里也同样含salmon sperm DNA和BSA) 进行沉淀
: 但是最後negative control 还是很容易PCR出片段来
: 然倒是在wash过程不乾净 但是buf 高盐 以及LiCl 和TE我都洗过了
: 很困扰
: PS:这是学弟ID 我是原PO
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