作者LBP (幸福已经从指缝间溜走)
看板Biotech
标题Re: [问题] Real-Time的问题(也有PCR的问题)
时间Thu Sep 14 17:05:09 2006
※ 引述《rpr (Cathy)》之铭言:
: ※ 引述《LBP (幸福已经从指缝间溜走)》之铭言:
: : 原本我的real-time一直都做的好好的
: : 结果自从有一次跑出来的Ct值忽然很低
: : 之前都在28-30之间
: : 那一次突然变成20上下
: : 我就把real-time的产物拿去跑胶看看是哪里有问题
: : 跑出来的结果发现产物竟然不是single band...
: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
: 不是single band的话
: 我会怀疑你的PCR已经有contamination的现象了
: 是否有的plate/tube没有封好,在高温的情况下PCR产物随着蒸气飘散在block
: 然後又跑到你的plate/tube里
: 甚至在你prepair的时候,你所用的东西器具就已经有PCR产物的污染了
: (PCR可是很可怕的,只要一点点就可以不断放大啊)
嗯...你说的这个情况我想暂时是可以排除的
我使用的是ABI原厂8tubes per strip
盖上caps时也是用它专用的黑棒棒(不知道这个叫什麽^^")
所以密封度我想是没问题的
另外我忘了提到
原本都做的出来的real-time,开始出现问题後
我repeat了好几次都一直出现相同的问题--过低的Ct值以及杂band的电泳结果
此外,原文mandible推文提及我原本所谓有做出来的Ct值
是否过高(28-30)
我想应该是还在可以接受的范围内
因为欲增幅的这个片段在一开始的PCR结果中表现就已经偏弱了
於是在real-time会得到偏高的Ct值,我个人觉得是合理的
(如果这样的想法有误请给予指正 ^^" )
: 我看到这里,觉得比较像环境上的污染而非机器污染
: 如果是我,我会连pipetteman都仔细清过(用酒精擦拭,恐怕连内管都要处理一下),
: tip也改用filter tip...
: 不果我想问一下,你跑胶出来的结果不是single band而是怎样的情况啊?
: 是多一条band? 还是变成smear?
: 如果是多一条band,而且在hTERT跟internal control都有一样大的band出现
: 那我的推测应该就获得证实了...
: 希望可以帮上忙,也欢迎讨论.
我想你的推测应该是对了
因为我今天仔细看着之前的电泳图
发现前几次的结果中,hTERT跟internal control隐约有着一样大小的杂band
然後今天重新换了reaction buf.和dNTP也是出现杂band
我目前是想说可能连最根本的水是污染的
刚刚重新用新拆封的水去稀释cDNA和primer
希望明天可以看到漂亮的data >_<
要是再出不来我也束手无策了吧 T__T
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 163.29.223.14
1F:推 rpr:诚心希望你的cDNA不要也被污染了~或者你能拿到新的cDNA... 09/15 01:19
2F:推 rpr:另外,我也会建议你顺便用70-75%酒精擦拭一下pipetteman跟环境, 09/15 01:23
3F:→ rpr:碰到PCR污染真的很头痛,多作预防措施多安心喽~~Good Luck! 09/15 01:23
4F:推 mandible:是否是PRIMER的问题?cdna污染我想不太可能!! 09/15 10:02
5F:→ mandible:reagent污染不太可能会影响道single BAND 09/15 10:04
6F:推 rpr:如果污染物是个DNA片段,那不管是那一个reagent都会被放大喔! 09/15 14:25
7F:→ rpr:因为看起来他的primer对於该DNA片段也是会放大的 09/15 14:26
8F:→ rpr:reagent指水, primer, dNTP,甚至real-time master mix喔 09/15 14:27