作者phenol ( 更~~~跑哪去)
看板Biotech
标题[问题] 请问有关EMSA的实验问题
时间Sat Sep 23 14:08:22 2006
我是使用 roche 的DIG操作 (很多东西是我自己泡的 不能泡才用买的)
我的问题是 我连free probe都看不到 不是脏就是一片白
(我有确定没有跳海)
首先我做Dot Blot确定我的dig-label是没有问题的 可能跑胶後的面步骤有问题
我的步骤如下 希望各位先进可以指点一下
1. gel component: 5X TBE buffer 1ml 40% AC 1.5ml DD water 7.4ml
10% APS 100 ul TEMED 10 ul total 10ml
我是再跑胶的隔天就先做好胶预备 做好後加0.5X TBE 保鲜膜覆盖 4度冰箱保存
2. (running buffer:0.5X TBE) 跑胶前 pre-run 30min以上 80 V
(福特数会不会太小? 我後来看了promega的好像是用350V 但他是用isotope)
3. 因为我的binding buffer没有glycerol 因此 sample我都各 + 2 ul glycerol
(my binding buffer:100mM Hepes ph7.6, 5mM EDTA, 50mM (NH4)2SO4
5mM DTT, Tween 20 1% w/v, 150mM KCl )
roche的protocol中有建议的loading buffer 但是 我之前跑出来的胶更奇怪
sample+loading buffer跑出来的胶well两侧有被拖曳的现象 故改用只加 glycerol
跑胶时 在空well中加loading buffer 另一加protein Marker 都没有被拖曳的现象
4.待sample跑入well中 就移进cold room去跑胶 未跳海前切除电源 马上transfer
大约要1.5hr 降会不会太久? 是否该调快减少时间??
5.(Tranfer buffer :0.5X TBE) semi-dry 30mA 30V 60min /片 (一次只做一片)
6.oligonucleotides crosslinker: UV stratalinker 1200mJ
(我有用Whatman 的滤纸 浸泡2x SCC buffer 衬在membrane下方)
7. washing buffer wash 3min -> 1X blocking RT 30min ->
anti-dig AP 1000x in 1X blocking solution RT 30 min ->
washing buffer wash 10min 两次 -> CSPD (37 degree developing 10min) ->
x-ray film exposure 10~30分钟不等
(我有试过blocking 4度 over night 比较乾净 但是一样 no band, no free probe)
请问大家 我的步骤哪里错了吗? 还是哪里可以在修正 请告诉我 感谢~~
另外 我想请问一下
1.dig label後 要怎麽保存 -80 度 分装保存吗? 可以放多久??
2.我的probe 很短只有20mer 会影响结果吗??
3.如何confirm DNA是double-strand ?? 跑胶 看EtBr有没有卡进去??这是我幻想的
拜托 ~~~谢谢大家
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◆ From: 61.228.110.9
※ 编辑: phenol 来自: 61.228.110.9 (09/23 14:09)
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1F:→ phenol:真的都没有人可以说一下吗??? 拜托拉~~~~ 09/26 21:11