※ 引述《kaifish (喔.....................)》之铭言： : ※ 引述《limiya (陈小咩)》之铭言： : : 我想请问 : : 我利用一个软体叫做Beacon_designer设计primer : : 然後跑出一推primer candidate後再去blastn看是否这个primer会和其他的sequence : : 我的问题是 : : 通常拿去blast的小片段primer sequence会blast到一堆其他的gene sequence 真的会有一堆嘛？你有没有选定物种？还有正反股不在同一染色体上....抑或隔很远 也是不必理会它........ : : 我blast了许久都找不到专一gene的primer : : 请问有人可以提供你们在设计primer上的经验或是方法吗? : : 谢谢~ : 提供一点小小的经验给您参考 : 其实Blast出来的片段虽然很相似 : 但是可以看看〝完全一样〞或是3'端相似的比例有多少 : 如果3'端一样的比例很少，那麽设计出来的primer有时候还是可以使用的 : 另外，也许你可以去看一下那些完全一样的序列 : 有时候不会以基因的名字表示 : 而是以当初做定序的clone编号命名 : 其实代表的是同一段基因 : 给您做个参考 : 如果有错，也请大家指正，谢谢！ 3'-端的几个BASE确实很重要，我的经验是挑至少看3个BASE挑有G或C的 --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 210.58.54.177