作者Shamino (万年猪)
看板Biotech
标题Re: [问题] Real-time PCR
时间Thu Dec 14 00:31:37 2006
※ 引述《lakerjackt (NN )》之铭言:
: 有人用过从血液中抽出的cDNA做real-time PCR吗?
: 因为本身是用ABI的机器run real-time PCR...
: 但一直try不好PCR的condition...
: 不然就是有出来後...再做一次就没出来了...
: 且Ct值一值都满後面的...40上下...
: 所以一直做到没信心...><
: 所以我想请问各位real-time PCR几个问题..以解笨小弟我的疑惑..
: 1.real-time PCR做的时候,反应的量一定要加的很精准吗???
: 2.ABI的real-time PCR是不是都不用设定annealing..这样一定都做的出来喔??
: 3.因为我是用kit抽RNA,但是是用一般方法转cDNA..所以会有可能cDNA转的不好吗?
: 4.请问有人用invitrogen这家的kit抽RNA吗?...做後续效果都可做很漂亮吗??
: 5.请高手帮我想一下我该怎麽办...谢谢...
一些经验 随意听听罗
1. 当然越精准越好, 不知你做的是绝对 or 相对定量?
不过基本上看你反应出来的3重覆的sd值就可知道你反应准不准的
不然就是看标准曲线的斜率吧
2. 因为annealing 调件是已经内定了啦
我是不会去动它啦 基本上要动这个先等你其他很多东西都try光了
再来想动这个比较好吧
或是等到你做的很熟练了 要动再动罗
3. 当然有可能啊 不过一般方法也不外乎是用RT转啊 多练练吧 熟练就没问题啦
4. 有啊 我觉得没有太大差异啦 Trizol就很好用了
不外乎抽完用 DNase 处理 , RT转完用 RNase H 处理
PCR先夹夹看是否还有DNA污染 再夹夹看actin是否RT有成功啊
跑胶看RNA品质 测OD看RNA品质
5. 要是我的话 我会回到根本的问题
a. 抽RNA, 抽完用DNase I 处理, 并回收.
b. 确认我抽的RNA品质没问题 ( 确认 18s 28s RNA的状况, 并测OD )
c. 先用RNA 做 PCR 测试是否还有DNA的残留
d. 转RT, 转完後以 RNase H 处理 ,
回收後做PCR夹 actin or 其它 internal control
确认转RT有成功
e. 确认完Step c 後尽快上机做Q-PCR
f. 确认Q-PCR的结果
要精准啊~除了三重覆外~SD值跟标准曲线超重要啊
还有就是NTC 有污染的话此次结果就不能用
e. 每一步骤都要确实确认後再往下做 不然只是无限循环罢了
那一个步骤发现有问题就请别往下做了 不然老板会生气浪费钱跟珍贵的sample
最後还有一些东东可以说一下
就是有心的话啊~ ABI本身的网站上就有教我们该怎麽样玩Q-PCR啦
100页不到啦 都看完的话 就也差不多就是那样而以
那里面的东西 应该比不论谁告诉你的都还要详尽喔~
嗯 祝你实验顺利罗~~
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