※ 引述《linzhengzhan (研究所：硕士班vs博士班)》之铭言： : ※ 引述《sezko (一般大学比较适合我)》之铭言： : : 请问一下这两种方式的差别是什麽呢..?? : : 是不是因为pull down assay并不是使用抗体所以才另外取一个名字的阿..?? : : 两者不都是观察protein的interaction状况吗..?? : : 还有pull down的专一性是否没有CO-IP高呢..?? : : 谢谢解答阿....拜托拜托....... : co-ip是用antibody与antigen的特异性来操作protein interaction的实验，事实上 : antibody的性质好坏与否，会决定实验的品质与，甚至成败…… : －A protein Ab.－A protein－B protein : ^^^^^^^^^^^^ ^^^^^^^^^ : 成败的关键↑　　　　　　　↑有兴趣的protein　　　　　 : 　 : 而pull down assay是将已知的protein做成fusion protein (ex.GST)，利用enzyme- : substract的specificity来将已知的protein抓着固定，之後再与其他protein : interaction，所以严格说不会有上述的问题…… : ex. : Glutathione－GST－A protein－B protein : ^^^^^^^^^^^ ^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^^^^^ : ↑Matrix ↑fusion protein ↑有兴趣的protein : 所以你要说这两个方法那一个比较好，见人见智；因为这两个方法都是Paper中，公认的 : 方法…… Co-IP 与 Pull down assay 的确都是用来证实 protein-protein interaction 的方法 不过它们各有各的优缺点及限制 Co-IP: 实验步骤较简单,但是较浪废 antibody,其限制在於只能证实 indirect interaction,且容易有 contaminated signals, wash buffer 的离子浓度以及 wash 的次数都要控制的当才不会导致误判. Pull down assay: 通常是用两个 pruified proteins 来进行,其中一个 protein fused 到 tag (如上叙的 GST)当成 bait, 藉由 pull down fusion protein 而将另一 个 protein (当 prey) 给抓下来,因为是由两个 purified proteins直接进行, 所以可证实此两 proteins 为 direct interaction 而不藉由其他的 proteins. 不过 purified proteins 大多是在 E.Coli中 overexpression,很可能因为没有 正常的 protein folding 或者 modification 而导至误判.不过现在已经有一些 在真核细胞中 overexpression 的 system, 可以克服 folding 及 modification 的问题了. 进行此两实验时都必需有适当的 negative control才能下结论,否则可能因 wash buffer 浓度 or wash 次数不同而得到不同的结果,至於哪一个的 specific 较好,我想是取决於 两 proteins interaction 的强弱, 用 antibody 做 IP 不是也常常抓到一堆杂 bands 吗. --

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