作者Phaeton (凰呀的鸣叫~)
看板Biotech
标题Re: [问题] Real-time PCR
时间Fri Nov 16 22:49:57 2007
嗯 谢谢那位大大推那麽多文 我了解那公式了
我说的y=mx+b这个
x轴是DNA量
Y轴是CT值
当斜率M = -3.2左右(刚查到 可是不知为什麽 = =)
会有最佳效率
现在我还是不知为什麽会有这值= =
请会大大的教我一下
谢谢
※ 引述《Phaeton (凰呀的鸣叫~)》之铭言:
: 请问一下喔
: 因为想了解Q PCR
: 所以爬文找知识
: 看到这篇里面提到的重要公式
: 我在知识+和GOOGLE都找不太到
: 可以请哪位大大解释一下
: Y是什麽??
: 而N应该等於多少??
: CT值吗??
: 另外我可以用斜率的方式来看EFFICIENCY吗??
: 就是用 Y = MX + B的方式来看
: M应该要等於多少才会有最好的效率??
: 谢谢
: ※ 引述《rpr (Cathy)》之铭言:
: : PCR有一个重要的公式
: : y=(1+e)^n e是PCR反应的效率,而n次方指的就是cycle number
: : 就我所知real-time PCR,是希望每一个PCR反应能尽量达到 e=100%
: : 所以才会限制产物大小 (<250 bp) 跟反应温度(2-step PCR)
: : 当然对於template的要求也是非常的高
: : 如果你的template quality不佳,做出来的结果常常会认你吐血
: : (我在做基因定量,range只有1-4 copies,但是Ct差个1结果就差两倍,真的会吐血
: : 观察国外这方面做的好的实验室,对於template的quality要求是严格到不行)
: : 如果你都按照他的限制下去做,基本上他们是可以保证一定可以得到很好的结果
: : 但是温度是绝对可以调整的
: : 如果你的基因在3-step PCR做的2-step PCR还好,当然没有理由不调整温度
: : (这又牵涉到primer的设计,所以他们也出了一套软体专门帮你设计适合的primer)
: : 只是你要确定这样条件下的e比他们条件下的e来的好
: : 另外,反应体积也是要尽量精确,因为reagent里还有ROX dye,
: : 机器会在判读时拿这个萤光作为不同well之间体积的校正
: : (但是怎麽校正我就不清楚了,有兴趣者可以自行测试,再来跟大家分享吗?)
: : 不过一我的经验,差个1-2 micro-liter是影响不了多少啦!(我做25 micro-liter的)
: : RT Real-time我也做过,用的是TRIzol抽的
: : OD 260/280实在不怎麽好(说来惭愧,1.6我就欢天喜地了)
: : 但是也都做的出来
: : 刚开始还傻傻的买他的one-step RT-PCR reagent(贵到爆)
: : 後来也开是自己转(我用过BD以及invitrogen的kit)
: : 但是结果仍然满意,所以抽RNA跟RT的kit应该是影响不大
: : 反而是你操作的好不好的问题
: : 另外你的反应做大於40 cycle,然後Ct只会在40以後出现
: : 我也如bloodgas大大会建议你看一下internal control的Ct会在多少出现?
: : 可以一并确认是quality的问题 或者你的基因表现就是低到不行
: : 希望对你有所帮助
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