作者biolenz (lenz)
看板Biotech
标题Re: [方法] degenerating primers
时间Wed Dec 5 09:15:02 2007
应用
抗体研究方面的应用我不是很清楚,不过一般来说最常用来钓基因。
假设你想要研究一个在该物种没有被研究过的基因,流程如下:
蛋白质体 > 质谱比对 > 有兴趣的蛋白 > 资料库序列比对 >
找出此蛋白的保守片段 (conserved domain) > 用此片段设计
degenerate primers PCR 放大该基因
原理
其中因为氨基酸的 codon 有很多种可能,所以要排列组合作出
各种可能的 primers,故称之。
逻辑
保守片段一般来说是同一类蛋白质皆具有,且变异性最小的区域。
有错请指正
※ 引述《chengtachun (>0<)》之铭言:
: ※ 引述《er230 (snow)》之铭言:
: : 请问有人知道这个方法的的原理和应用吗
: : 最近需要接触这方面
: : 但却找不太到相关参考资料
: : thx~
: 用来放大一段有规则的基因,我举个例子会清楚点
: 例:你的目标基因X,Y,Z sequence如下
: type 1 :XXXXXXXATCGATCGATCGATCG.....
: type 2 :YYYYYYYACCGACCGACCGACCG.....
: type 3 :ZZZZZZZATGGATGGATGGATGG.....
: primer:ATCGATCGATCGATCG.....
: CG CG CG CG
: 你不知道X,Y,Z的DNA sequence,或是X,Y,Z间的变异性太大很难设计primer
: 那就後(前)面一点点发现DNA sequence有点规,
: 就设计像上面的primer一样,跟厂商说你要某个bp要同时有多种nucleotide
: ,这样就是degenerating primer
: 常用在放大抗体的variable region,
: 方法就是由constant region设计primer
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.127.160.142