作者siberianiris (紫色鸢尾花~)
看板Biotech
标题[求救] 请教关於EMSA的问题
时间Fri Dec 14 22:08:35 2007
请问各位有在做EMSA的大大们
我用Roche DIG的系统 自己label的probe大约150bp
(这段序列缺少 在我报导基因的数据中 是活性下降最多的一段)
(用这段去做EMSA 有看到binding band 而且加unlabel 也能被竞争)
所以我去预测上面的TF结合位 然後合成几组短短的oligonucleotide
annealing後 在binding的反应中 分别加进去当作competitor probe
lane 1: DIG-probe(150bp) only
lane 2: DIG-probe + nuclear extract
lane 3: DIG-probe + nuclear extract + competitor probe(没有label)
.
.
.
lane X: DIG-probe + nuclear extract + competitor probe X (没有label)
结果出来 原本lane 2有band的地方 在加入X後 band就消失了
显示 X的序列 好像是band 结合的主要位置
於是我将X的序列 做了点突变 然後照样合成短短的 competitor probe X mut
再做一次EMSA 发现lane 2的band又出现了
(也就是lane 2 有band ; 加X後 band消失 ; 加X mut band又出现)
那麽请问一下 如果做到这边 能否代表 X 就是调控这段活性主要的TF ???
将来如果去做 X 点突变的reporter construct 那活性是不是就会下降??
诚心请问有相关经验的人 能分享一下
(>_<非常紧张这结果代表的意思 到了睡不着觉的地步了 T_T)
此外, 我跑出来的band 看起来都糊糊的 沙沙的感觉 @@
不知道是哪边的问题呢?
先谢谢大家看完 ^^
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