※ 引述《sheepfeather (...)》之铭言： : 小弟我的作业有一部分是要寻找一个已知的完整genome里面的ORF : 之後再去做一些後续比对的工作 : 之前用NCBI提供的【ORF finder】去找 : 不过出来的结果有点太多了...所以希望可以有其他的结果去做个比较 : 老师是说可以用PFAM去找,不过我们摸了很久还是摸不出这条路的走法 : 不知道板上有人可以分享有类似功能的网路资源吗? : 哪种方法,网站或软体系统都可以 ~ 只要内含功能可以用来分析ORF就好了 : 先感激愿意分享的各位 <(_ _)> 不知道你现在做的物种是真核还是原核 如果是原核 有一些orf finding工具 像是GeneMark GeneMark.hmm或者是Glimmer 都可以试试看 真核我比较不熟 不过相信工具应该也不少就是了 另外你们老师提的Pfam 我就比较不建议使用了 因为你需要先去抓Pfam的资料库 然後抓/装 Hmmer 这一套软体 Hmmer比对Pfam资料库要花的时间挺多的 而且也并不是每一个orf都会有Pfam domain 所以我就不建议使用罗 --

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