※ 引述《hosaile (我和你:))》之铭言： : 标题: [讨论] 如果要做一个基因被调控的机制 : 时间: Fri Jan 4 20:33:01 2008 : : 假设目前我知道 A 基因在某个 cell line当中会被某个 compound 强烈活化 : : 但是加入了一个kinase inhibitor之後会被抑制到几乎到跟control一样低 : : 目前所知的条件有 : : 1. A gene的promoter sequence (不确定是不是全部的promoter 从NCBI上有发表过 : : 的paper中搜寻到的) : : 2. 知道两个确定的transcription factor binding sites, 和两个目前尚未确定的sites : : 你会怎样开始研究这个基因被调控的机制呢？ : : 目前这个基因被研究主要都是在应用方面, 就是它的function有哪些, 但是本身被 : : 调控的机制却是几乎不了解。 : : -- : 我不是要写期末报告 : : 而是我目前做的实验遇到一个瓶颈 不知道要怎麽继续下去 而且没有paper可以参考 : : 而我目前的发现是一个transcription factor (B)的确会结合到promoter上 : : 而在加入kinase inhibitor後 in vivo下有稍微抑制其binding (几乎没差) Q1 : 很有兴趣知道 是那个实验可以知道 "in vivo" 下, 一个 protein "确实结合到此 promotor的量得多寡" 是指加入inhibitor 後, 把 cell lysis 完去测 protein bind 上多少 target DNA吗? : : in vitro则是看不到差异 : : 就目前的data来看 尚未有直接证明 B 调控 A gene 的证据 : : 是希望可以往上面所提到的 B transcription factor对这个基因的调节的重要性走 : : 目前是有一些想法 也跟老师谈过了 但是希望听听不同的意见 : : 麻烦各位版友了！ Q2: knock down B 是否与 A gene 表现成正相关 ----> 最直接证据 Q3: B 与那些 protein 有 interaction (IP?) ----> 找可能的 transduction pathway ----> 查文献与资料 (到网路上查 microarray database) 看这些 protein 表现是否与 A gene表现成正相关 or 把与跟 A gene 有关的 microarray data 找出来也是一方法 Q4: B 是否有 phosphorylation? ----> 找证据 磷酸化是否直接参与调控 B 的 function : : -- :

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) : ◆ From: 140.112.122.26 : 推 buterscotch:Northern analysis of the mRNA level of the gene?? 01/04 21:13 : → hosaile:楼上是否可以更清楚的解释？是说在做怎样的处理之後做 01/04 22:52 : → hosaile:Northern blot? 01/04 22:53 : 推 cutebetty:RNAi抑制B的表现 然後用repoter gene看A基因的表现?? 01/05 01:05 --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 219.68.72.22 ※ 编辑: skylawer 来自: 219.68.72.22 (01/05 12:21)