作者huggie (huggie)
看板Biotech
标题[求救] 分析 SNP 的软体?
时间Wed Jan 9 01:23:18 2008
有找 single nucleotide polymorphism 的软体吗?
假设我有 两个 whole genomes 或者是 contigs 然後
我想要找 ORF 内的 SNP，要知道 synonymous 或者是 non-synonymous 的问题
但也要考虑 frameshift, 如果是 shift 掉就不分析
如果是 shift 回来就继续分析
我自己写了一个..不过发现考虑 frameshift 的问题之後
就比想像的困难太多了
写是写完了...可是发现结果不对..
因为 nsSNP 笔 sSNP 多太多了... orz
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.160.62
1F：推 fc01:你这是要写博士论文??? 01/09 03:37
2F：推 fc01:我们实验室有人硕论题目就是用生物资讯工具找SNP... 01/09 03:40
3F：→ fc01:基本上光是确认序列的品质就是大工程了.... 01/09 03:41
4F：→ huggie:我是没有考虑序列品质的问题..只是用 UCSC BLAT完比对 01/09 12:40
5F：→ huggie:然後自己再做计算. 01/09 12:40
6F：→ huggie:曾用过 MUMmer 去做, 但他没有考虑 synonymous 与否的问题 01/09 12:40