作者apoptosis (good job)
看板Biotech
标题Re: [求救] real time PCR variation 很大(同sample)
时间Thu Mar 20 11:41:04 2008
谢谢大家推文回应 下面是回应推文的问题
我们实验室只有我一个人做 很多东西我都不太懂 请教一下前辈
1. 我不知道怎麽作melting curve 稍微看了一下 好像是在amplify之後
请问软件上面是否就有内建的程式可以跑 我用的是SDS2.0
2. 我的primer是别人设计的
GCGTTCGGCACGGTGTATAA GGCTTTCGGAGATGTTGCTTC
昨天用beacon designer run了一下 发现是poor =而且有很多dimer
我发现dimer有一个量化的数delta G 一般介於0到-2 之间 如果没有dimer的话是0
我还不太知道那个值有什麽意义
我准备定一对没有dimer的primer试试看
3. 50 bp的确是比较模糊的一条band 但还是满亮的
我准备把primer 降低一倍再试一次
(原本是10uM primer 取1 ul mixture in 25ul total)
4. 我用的机器是ABI7900
谢谢大家
※ 引述《apoptosis (good job)》之铭言:
: 最近作real time遇到困难
: 我的问题是这样
: 1.primer + mixture 也有大约20~30 cycle, 我怀疑污染 就去跑胶
: run gel发现有加cDNA的有两条BAND,
: 一条在100bp 是我的产物 另一条在约50bp 我怀疑是primer dimer.
: 如果不加cDNA 就没有100bp那条 只有50bp
: 现在不知道要怎办 只能redesign primer吗?
: 如下图
: M cDNA+primer primer only
: 一
: 一
: 一
: 一
: 一
: 一 一
: 一 一
: 2.我的variation非常大 大概会有3~5个cycle(同一个sample)
: 不知道是不是就是primer dimer造成的.
: 现在一头雾水 请教大家 谢谢
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◆ From: 76.182.57.0
※ 编辑: apoptosis 来自: 76.182.57.0 (03/20 11:50)