《生物资讯》 生物资讯（Bioinformatics）概论（七） 庄顺淑 （文续第1925期第196页） (二) 生物资讯工具 　EBI的工具箱提供生物资讯领域的各种工具。在此将工具依功能分类，分别介绍於 下： 1.相似度比对与相似性搜寻 　序列同质性与相似度比对工具Fasta（网址 http://www.ebi.ac.uk/fasta/index.html）、 Blast（网址http://www.ebi.ac.uk/blast/index.html）、MPsrch （网址http://www.ebi.ac.uk/MPsrch）与Scanps（网址 http://www.ebi.ac.uk/scanps/）常用来做序列资料库的比对。 以下为目前EBI所提供的工具： (1) DNA与蛋白质搜寻 　Fasta：使用Fasta比对核酸与蛋白质资料库的序列相似度与同 质性搜寻，网址http://www.ebi.ac.uk/fasta33。 ‧WU-Blast2：Washington University blast2（blast 2.0有 间断（Gap）），网址http://www.ebi.ac.uk/blast2。 ‧NCBI-Blast2：NCBI blast2（blastall）程式，网址 http://www.ebi.ac.uk/blastall。 ‧Blast2 EVEC：European blast2 Vector Searches，确认序 列是否有载体（Vector）的污染，网址 http://www.ebi.ac.uk/blastall/vectors.html。 ‧Genome and Proteome Fasta server：完整基因体与蛋白质 体Fasta伺服器，网址http://www.ebi.ac.uk/fasta33/genomes.html。 (2) 精确的蛋白质搜寻 ‧MPsrch：网址http://www.ebi.ac.uk/MPsrch。 ‧Anedabio：为以前的Edinburgh生物计算系统，执行Smith and Waterman演算法，网址http://www.anedabio.com/index.html。 ‧Scanps2.3：新工具，Scanps 2.3版，执行Smith & Waterman 演算法搜寻蛋白质资料库，网址http://www.ebi.ac.uk/scanps/。 ‧Blitz：是一个以email为基础的资料库搜寻服务，使用两种 方法MPsrch与Scanps，网址http://www.ebi.ac.uk/searches/blitz.html。 (3) 特殊DNA搜寻 ‧Parasites blast：寄生虫基因体 （http://www.ebi.ac.uk/parasites/parasite-genome.html） Blast伺服器，网址http://www.ebi.ac.uk/blast2/parasites.html。 ‧EGI blast：以EuroGeneIndexes为基础之EST丛集与比对的 Blast伺服器，网址http://www.ebi.ac.uk/EGIblast2/。 ‧SNP-Fasta server：欧洲SNP资料库HGBASE（网址 http://hgvbase.cgb.ki.se/）的Fasta搜寻，网址 http://www.ebi.ac.uk/snpfasta3。 2. 蛋白质功能分析 　 这部分提供使用各种方法与资料库决定蛋白质功能的工具。其中 最重要的是InterProscan（http://www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html）， 它使用单一介面对照各种搜寻方法。以下提供蛋白质功能分析工 具的连结与简介： ‧CluSTr Search：用Accession numbers搜寻Swiss-Prot与TrEMBL 资料库，网址http://www.ebi.ac.uk/clustr/search.html。 ‧InterProScan：InterPro资料库的蛋白质序列搜寻，网址 http://www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html。 ‧FingerPRINTScan：蛋白质指纹搜寻，网址 http://www.ebi.ac.uk/printsscan/。 ‧ppsearch：蛋白质Motifs搜寻，网址 http://www.ebi.ac.uk/ppsearch/。 ‧GeneQuiz：生物序列的高度自动化分析，网址 http://jura.ebi.ac.uk:8765/ext-genequiz/。 ‧Pratt：发掘蛋白质Motif，网址 http://www.ebi.ac.uk/pratt/。 ‧Radar：蛋白质重覆（Repeat）序列侦测，网址 http://www.ebi.ac.uk/Radar/index.html。 ‧InterProScan：使用蛋白质序列查询InterPro资料库，并且预 测蛋白质功能，网址http://www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html。 3. 结构分析 　决定蛋白质的二级与三级结构对於研究蛋白质功能是有决定性的 影响。使用者将可在这里找到各种结构分析工具，例如DALI（网 址http://www.ebi.ac.uk/dali）。以下面列出目前EBI提供的结 构分析工具： ‧SRS3D：序列结构、从蛋白质一级/二级/三级资料库所获得的 特性资料之取得与视觉化工具，网址http://srs3d.ebi.ac.uk/。 ‧DALI：比较蛋白质3-D结构，网址http://www.ebi.ac.uk/dali。 ‧FSSP：摺叠分类与结构比对，网址http://www.ebi.ac.uk/dali/fssp。 ‧MaxSprout：从C（alpha）轨迹重组3-D座标，网址 http://www.ebi.ac.uk/maxsprout。 ‧PQS：查询蛋白质四级结构，网址http://pqs.ebi.ac.uk/。 ‧PQS-Quick：从PDB ID快速取得蛋白质四级结构资讯，网址 http://pqs.ebi.ac.uk/pqs-quick.html。 ‧MSDchem：配位体（Ligand）资料库，在PDB中所有化学组成的 完整化学描述，网址http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/chempdb。 ‧MSDfold：二级结构配对，比较蛋白质链/结构，并且寻找PDB 档案或SCOP Domain中相似的结构，网址 http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm。 ‧MSDlite：提供查询PDB的简易方法，网址 http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/msdlite/index.html。 ‧MSDpro：为Java applet工具，使使用者可建构MSD复杂的相关 查询，而不需了解资料库中资料的配置方式或语言。这些查询 是用SQL语法写成，网址http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/msdpro/index.html。 ‧EMsearch：查询电子显微镜位置的查询工具，网址 http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/emsearch/index.html） ‧MSDsite：以配位基（Ligand）（例如：ATP）或活性区（例如： CYS CYS CYS CYS）资讯查询活性区资料库的工具，网址 http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/msdsite/index.jsp。 ‧MSDtarget：目标资讯伺服器为一个搜寻与追踪结构基因体目 标的搜寻工具。可用来搜寻公开的与未公开的SG与PDB资料库， 网址http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/msdtarget/SGT_index.html。 ‧NMR Representatives：搜寻PDB中NMR解出的结构，网址 http://pqs.ebi.ac.uk/pqs-nmr.html。 ‧Unpublished Reference Server：现存PDB的许多档案包含许 多尚未发表的参考文献。有时，PDB档案已经过时（文献已经 被发表），但是标题“To Be Published”仍然存在。PDB Clean Up的部分目标就是更新这些参考文献，并且达成这样目 标的第一步就是将尚未发表的文献移出至已发表文献，网址 http://www.ebi.ac.uk/msd/services/unpubref.html。 ‧Biotech：蛋白质结构的Biotech监定软体，网址 http://biotech.ebi.ac.uk:8400/。 4.序列分析 　 序列分析包括使用各种生物资讯方法用以监定基因与转译成蛋白 质的生物功能与/或结构。这些工具之一Transeq（网址 http://www.ebi.ac.uk/emboss/transeq）可帮助决定DNA序列的 蛋白质转译区。ClustalW（网址http://www.ebi.ac.uk/clustalw） 被用来比对DNA与蛋白质序列，以解释他们的关系与演化来源。以 下列出各种EBI目前提供的结构分析工具： ‧ClustalW：多重序列比对，网址http://www.ebi.ac.uk/clustalw。 ‧Align：两条序列Global与Local比对工具，网址 http://www.ebi.ac.uk/emboss/align（EMBOSS网址 http://www.emboss.org/）。 ‧GeneMark：基因预测服务，网址http://www.ebi.ac.uk/genemark/。 ‧GeneWise：蛋白质序列或蛋白质HMM与DNA序列比对，网址 http://www.ebi.ac.uk/Wise2/index.html。 ‧Dna Block Aligner Form：假定在同一直线上时，两条DNA序列 的比较，网址http://www.ebi.ac.uk/Wise2/dbaform.html。 ‧PromoterWise：比对两条DNA序列，允许倒置（Inversion）与 移位（Translocation），网址 http://www.ebi.ac.uk/Wise2/protmoterwise.html。 ‧Mutation Checker：序列认可工具，网址 http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/mutations/check.cgi。 ‧Genetic Code Viewer：观察遗传密码相异性，网址 http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/mutations/trtables.cgi。 ‧CpG Plot/CpGreport：找寻CpG Island与绘图的工具，网址 http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot）（EMBOSS网址 http://www.emboss.org/）。 ‧Transeq：DNA序列转译工具，网址http://www.ebi.ac.uk/emboss/transeq） （EMBOSS网址：http://www.emboss.org/） ‧Reverse Translator：反向互补确认工具，网址 http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/mutations/tevtransl.cgi。 ‧Pepstats/Pepwindow/Pepinfo：基本蛋白质序列分析的EMBOSS 程式，网址http://www.ebi.ac.uk/emboss/pepinfo（EMBOSS 网址：http://www.emboss.org/）。 ‧SAPS：蛋白质序列统计工具，网址http://www.ebi.ac.uk/saps。 ‧EMBOSS：针对分子生物社群需要所发展的免费公开分析软体。 此软体可允许各种格式的资料，并且可从网站取得序列资料， 网址http://www.ebi.ac.uk/emboss/index.html。EMBOSS官方 网址http://www.emboss.org。 5.各式工具 　EBI已经发展许多有用的生物资讯相关工具，例如SRS（Sequence Retreival System），可以用来浏览EBI各种生物序列与文献资料 库。以下所列为目EBI提供的各种工具： ‧SRS：Sequence Retrieval System为资料库搜寻工具，网址 http://srs.ebi.ac.uk/。 ‧Webin：提交与注解核酸序列至EMBL资料库的工具，网址 http://www3.ebi.ac.uk/Services/webin/Sbm.cgi。 ‧Webin-Align：提交与注解核酸及胺基酸多重序列比对至 EMBL资料库的工具，网址 http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/alignment.html。 ‧QuickGO：QuickGO为快速的Gene Ontology资料网路观察工具， 网址http://www.ebi.ac.uk/ego/index.html。 ‧Expression Profiler：群集、分析与视觉化基因表现与基因体 资料的工具，网址 http://www.ebi.ac.uk/microarray/ExpressionProfiler/ep.html。 ‧Query ArrayExpress：搜寻ArrayExpress微阵列资料库，网址 http://www.ebi.ac.uk/microarray/ArrayExpress/Queries/queries.html。 ‧Protein Annotation Assistant：蛋白质注解工具，网址 http://www.ebi.ac.uk/paa。 ‧Protein Colourer：将胺基酸序列加入色彩，网址 http://www.ebi.ac.uk/proteincol/index.html。 ‧AppLab v1.0：CORBA-Java为基础的应用程式Wrapper，网址 http://industry.ebi.ac.uk/applab/。 ‧XEMBL：BSML或AGAVE XML格式的EMBL纪录，网址 http://www.ebi.ac.uk/xembl。 ‧Readseq：序列格式转换工具，网址 http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/readseq.cgi。 ‧WSDbfetch：WSDbfetch为执行Dbfetch的网路服务工具，为一个 一般资料库检索系统，目标是提供可用程式取得的序列检索方 式。此涉及在SOAP伺服器上执行的服务，反应远端使用者的需 求，网址http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/index.html。 6.资料库浏览与检索 　 EBI提供许多浏览与检索生物相关序列与文献资料的工具。SRS （Sequence Retrieval System）是其中最强大的资料浏览/检索工 具之一。SRS提供快速、简单、使用者易於学习使用的工具，可从 超过400种内部或公开资料库取得大量不同的与不同性质的生命科 学资料。以下提供各种EBI提供的资料库浏览与检索工具： ‧SRS：序列检索系统，可用来浏览EBI各种生物序列与文献资料库 的工具，网址http://srs.ebi.ac.uk。 ‧SRS3D：SRS3D是一个使使用者快速且简单的检索/视觉化序列结 构与一级/二级/三级蛋白质资料库特徵资料的整合环境，网址 http://srs3d.ebi.ac.uk/。 ‧EMBL-SVA：MBL Sequence Version Archive伺服器是一个储存 EMBL资料库公开资料的储存区，网址http://www.ebi.ac.uk/embl/sva/。 ‧dbfetch：同时可检索超过50个以上的现存生物资料库工具，网 址http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/dbfetch。 ‧emblfetch：同时可检索超过50个以上的现存生物资料库工具， 网址http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/emblfetch。 ‧medlinefetch：可检索MEDLINE文献资料库工具，网址 http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/medlinefetch。 ‧WSDbfetch：WSDbfetch为执行Dbfetch的网路服务工具，为一个 一般资料库检索系统。目标是提供可用程式取得的序列检索方式。 此涉及在SOAP伺服器上执行的服务，反应远端使用者的需求，网 址http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/index.html。 7.提交 　提交新资料与更新资讯至公开资料库，是建立与维持完整与最新 资料集的唯一与必须的必备要件，这使科学社群可以执行搜寻与 分析最新核酸与蛋白质序列、蛋白质结构座标与微阵列资料。下 面所列为提交资料至资料库的一些提交工具。 (1)核酸与蛋白质序列提交 ‧EMBL Nucleotide Sequences via WEBIN：提交DNA序列至 EMBL/GenBank/DDBJ的互动系统，网址 http://www.ebi.ac.uk/ebml/Submission/webin.html。 【Help - http://www.ebi.ac.uk/webin/webin_help.html】 ‧EMBL Nucleotide Sequence Update Form：报告EMBL核酸序列 的更新与更正资讯，网址http://www.ebi.ac.uk/embl/webin/update.html。 【Help - http://www.ebi.ac.uk/embl/webin/update_help.html】 ‧Information for submitters to EMBL Nucleotide Sequence Database： EMBL-Bank的一般资讯，网址 http://www.ebi.ac.uk/embl/Documentation/information_for_submitters.html。 ‧Swiss-Prot：提交资料至Swiss-Prot资料库，网址 http://www.ebi.ac.uk/swissprot/Submissions/submission.html ‧Swiss-Prot Protein Sequence Update Form：更新或更正Swiss-Prot 资料的报告格式，网址http://www.expasy.org/sprot/sp_update_form.html。 ‧Alignments via Webin-Align：序列比对的互动式提交工具，网址 http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/align_top.html。 【Help - http://www.ebi.ac.uk/webin-align/webinalign_help.html】 ‧Sequin Software：Sequin资讯与求助，网址 http://www.ebi.ac.uk/Sequin/。 ‧IMGT/HLA：IMGT/HLA资料提交，网址 http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/subs/submit.html。 【Help - http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/subs/sub_guide.html】 ‧IMGT/LIGM：经由WEBIN提交IMGT/LIGM资料，网址 http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/webin.html。 【Help - http://scooby.dhcp.ebi.ac.uk/LOCAL_DEV/webin/webin_help.html】 ‧Alternative Exon Database：提交资料至AEdb目前只提供给ASD-EC 协会会员，网址http://www.ebi.ac.uk/msd/Deposition/Autodep.html。 EBI希望在2003下半年可以公开给所有使用者使用。 (2) 结构资料提交 ‧PDB-AutoDep：提交3-D结构至PDB，网址 http://www.ebi.ac.uk/msd/Deposition/Autodep.html；更多资 讯请参考网址http://www.ebi.ac.uk/msd/。 (3) 微阵列资料提交 ‧MIAMExpress：提交微阵列资料至ArrayExpress资料库，网址 http://www.ebi.ac.uk/miamexpress/。 【Help - http://www.ebi.ac.uk/miamexpress/help/index.html】 结论 EBI从1992年发展至今已经历11年了，它所建立的生物资讯资料库 与强大的生物资讯工具的确对於生物社群资料探索与分析有极大的 贡献。然而，EBI今天的成就并不是仅仅由一个国家就可以达成的， 而是由欧洲许多国家共同努力的成果。他们无国界的合作模式与共 同为生物资讯领域贡献的伟大理想，正是跨国合作的良好典范。 （注：本文资料参考来源为EBI（The European Bioinformatics Institute）所提供之网站资料所整理而成，网址http://www.ebi.ac.uk/）。 出处:http://www.ascc.sinica.edu.tw/nl/92/1926/02.txt ---- 小弟最近为分析所苦! 从辜狗大神那搜寻到此文章~应该对板上各位大哥大姐有所帮助!!^^ 感谢这位作者辛苦整理 在此献上最大的敬意!! 如果PO在此处不妥~再请告知!马上砍文~ 欢迎大家一同讨论^^~ -- ▃◣ ◢ ◣ 吼～ ◢ ◣ ◢ ◣◣ ◣ ◥ ▉≡ ◥▆◢ ▄ ▄ ▃▄▂ --

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