作者hal (结训了...)
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标题Re: [求救] PROMOTER sequence
时间Tue Apr 8 19:21:55 2008
※ 引述《qqo8855436 (一个人的生活)》之铭言：
: 虽然有人回覆了...
: 我试着去找仍雾煞煞
: 不知可否用 TNF-A -308这个位点当例子??
: 已知的GENE为 TNF-alpha
: SNP位点 :promoter区 -308
: 如何以这些资料来找出其 rs1800629
: 感谢~ ^^"
-308的位置好像不太对??
要找promoter有什麽SNP的话你可以用BLAST去比对
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_blastByOrg.cgi
这是NCBI的网页上的工具
把你的序列贴上就可以找到有哪些SNP在这里
你的例子就是将TNF-A promoter区 取6~700bp左右
比对後就会看到有相似的序列及RS ID 最像的便是在此区域的SNP
当然也有不像的也会出现
所以便要点进去看这个SNP是否为在此区域
这笔便是你要找的
>gnl|dbSNP|rs1800629
rs=1800629|pos=401|len=801|taxid=9606|mol="genomic"|class=1|alleles="A/G"|build=127
Length=801
Score = 737 bits (399), Expect = 0.0
Identities = 399/400 (99%), Gaps = 0/400 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCCTGTCTGGAAGTTAGAAGGAAACAGACCACAGACCTGGTCCCCAAAAGAAATGGAGG 60
Sbjct 320 ............................................................ 379
Query 61 CAATAGGTTTTGAGGGGCATGGGGACGGGGTTCAGCCTCCAGGGTCCTACACACAAATCA 120
Sbjct 380 .....................R...................................... 439
这笔便是有出入的 有太多不一致的序列 所以要点进去看看
>gnl|dbSNP|rs4987027
rs=4987027|pos=209|len=481|taxid=9606|mol="genomic"|class=1|alleles="A/C"|build=113
Length=481
Score = 728 bits (394), Expect = 0.0
Identities = 394/400 (98%), Gaps = 0/400 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCCTGTCTGGAAGTTAGAAGGAAACAGACCACAGACCTGGTCCCCAAAAGAAATGGAGG 60
Sbjct 65 .............R.............................................. 124
Query 61 CAATAGGTTTTGAGGGGCATGGGGACGGGGTTCAGCCTCCAGGGTCCTACACACAAATCA 120
Sbjct 125 .....................R...................................... 184
Query 121 GTCAGTGGCCCAGAAGACCCCCCTCGGAATCGGAGCAGGGAGGATGGGGAGTGTGAGGGG 180
Sbjct 185 ........................MR.....R............................ 244
Query 181 TATCCTTGATGCTTGTGTGTCCCCAACTTTCCAAATCCCCGCCCCCGCGATGGAGAAGAA 240
Sbjct 245 ..............................................R............. 304
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.40.44
※ 编辑: hal 来自: 140.109.40.44 (04/08 19:25)
1F：推 qqo8855436:谢谢~ 04/08 23:24