作者soom ()
看板Biotech
标题Re: [问题]大鼠的primers可以用小鼠上吗?
时间Tue May 20 15:55:47 2008
※ 引述《[email protected] (让开!!肥兔来了!!)》之铭言:
: 找到一篇PAPER但上面的方法用的是大鼠的primers
: 我这边用的却是小鼠= ="
: 请问各位大大
: 二者的primers可以共用吗?
在此推荐NCBI的electronic pcr软体
他有两种方向(forward/reverse)的使用法
forward e-PCR是根据所提供的DNA sequence或是accession number寻找STS
reverse e-pCR是根据所提供的STS寻找可Mapping到的sequence
在这个例子中可以使用reverse e-PCR
点进去後先在上方dataset选择你是要小鼠的transcriptome还是genome
然後我习惯使用table input
输入Label(你给的命名), First primer, second primer, size(预计的大小)
底下的STS size deviation以及alignment quality就看你希望的严谨程度调整
我个人建议都使用最大值以得到最多的可能性
按下search後等他呈现结果
若是hit数为零,则可能在你的严谨程度条件下该primer放大不出预计size的片段
若是有hit到,则可观察missmatch以及gap的程度而得知该primer的专一性
这个软体目前内建有人类、大小鼠、果蝇、阿拉伯芥等8个物种的资料
提供你做参考
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.77.155
※ 编辑: soom 来自: 140.129.77.155 (05/20 15:59)
1F:推 meiosisLin:这个方式不错~不过记得有长度的限制,太长找不到 05/20 21:58
2F:推 Ice9:推!很实用! 05/21 02:12