※ 引述《seal0413 (seal)》之铭言： : 我不知你要看的protein和DNA的interaction : 哪个是已知或哪个是未知的 : 我想针对你的实验目的不同 : 可选择的实验方法也不同 : 假设是针对已知的DNA片段和已知的protein : 而且只是要探讨interaction或者是还有哪些protein和此protein : 共同作用在此DNA片段 : 你或许可以考虑用chromatin IP 我现在要做的 就是chromatin IP的变形 以前是用antibody去针对有兴趣的protein做IP 纯化出目标蛋白 找出其binding的DNA 而我要做的 是直接纯化出所有的DNA（已经有用甲醛将protein固定） 然後在纯化出被固定的protein 而可被质谱分析 == 老师原本是打算直接用酒精沈淀 挑出成丝状的DNA 经过wash後洗掉没被固定的protein 想法上是可行的 但是实际上...... 我学长之前做出来发现 即使没有用甲醛固定的DNA 而只单纯经过酒精萃取 依然有太多protein的污染 也就是ctrl组的background太强 经过SDS-PAGE和silver stain发现 有或没有甲醛固定的结果几乎一样（因此尚未做质谱） == 据我理解 由於phenol对於protein疏水性残基有亲和力 因此经过phenol/chloroform会把已经甲醛固定蛋白质的DNA也被带往离心後的水层交界处 所以必须找其他方法纯化出genomic DNA 目前我知道的 好像可以用hydroxyapatite column利用HPLC方式来做分离 但是这样成本高 （另外我也不知道有没有更适合的column可以用） 目前希望是有抛弃式的小型column(beads)或kit可以使用 但是我不知道有没有合适的产品可以使用 --

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