作者jessicada (Besilence)
看板Biotech
标题[求救] Phylogenetic tree之後续分析应用
时间Mon Mar 17 00:00:18 2014
首先谢谢各位高手愿意右转此篇文章......
事情是这样的，
目前手上有一条已知序列，利用BLASTX及ClustalX
已找出与该序列相似度较高的其它胺基酸序列
请问各位会依此发展出何种较有研究份量的分析应用呢？
老板说可以比较不同物种之高保留度的domain或motif......then？
因为硕班毕业时间迫在眉睫，bench work是暂不考虑了
希望能用生物资讯，大量整理文献的方式生出个data
恳请各位高手给些意见了，万分感激不尽！
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 163.24.254.214
1F：推 liuse:你这序列是已知的gene还是未知的gene?你要看的方向是? 03/17 02:30
2F：→ liuse:演化?可能功能角色?结构? 03/17 02:30
3F：→ jessicada:比对後已可推测该gene与abc transporter相关；请问以功 03/17 05:01
4F：→ jessicada:能或结构上来说，还能用这些比对做出哪些的data呢？ 03/17 05:01
5F：→ Ianthegood:abc的功能实在太广泛了 就朝一个想要的方向多嘴炮 03/17 10:21
6F：推 jabari:朝一个方向 @w@ trans 或 cis 这种吗? >///< 03/17 18:43
7F：→ puec2:1. 找在abc transporter上做突变探讨功能的paper 03/17 23:12
8F：→ puec2:2. 比对你的gene在相对应的位置上是什麽氨基酸 03/17 23:13
9F：→ puec2:3. 根据特定点氨基酸种类的异同，讨论你的基因的可能功能 03/17 23:14
10F：→ puec2:有认识人的话，可以取一段与已知结构蛋白质序列相似的 03/17 23:15
11F：→ puec2:motif出来做modeling XD 03/17 23:15